子宫内膜异位症会引发多种疼痛症状，包括盆腔疼痛（下腹部疼痛，为慢性盆腔痛，经期加重，青春期及有盆腔手术史女性风险高；腰骶部疼痛，可放射至会阴部、肛门，长期久坐、孕期女性疼痛可能更明显）、性交疼痛（深部性交痛，月经来潮前更明显，性生活频繁、绝经后女性疼痛可能加重）、肠道疼痛（腹痛、腹泻或便秘，经期加重，饮食不规律、有肠道手术史女性症状更突出；少数有便血情况，年龄较大女性需格外关注）、泌尿系统疼痛（尿痛、血尿，经期加重，经常憋尿、妊娠期女性症状更明显）。
一、盆腔疼痛
1.下腹部疼痛
子宫内膜异位症常见的疼痛部位是下腹部，疼痛一般为慢性盆腔痛，可在月经期间加重。这是因为异位的内膜组织受激素影响，在经期也会出现出血、肿胀等情况，刺激周围组织引起疼痛。青春期女性若出现下腹部反复疼痛，且随月经周期变化，需警惕子宫内膜异位症。有剖宫产等盆腔手术史的女性，发生盆腔粘连和子宫内膜异位的风险增加，下腹部疼痛的概率也可能更高。
2.腰骶部疼痛
很多患者会感到腰骶部酸痛、坠胀，严重时甚至会向会阴部、肛门放射。这是由于异位的内膜病灶可能累及到子宫骶韧带等部位，在月经期间病灶充血，对周围神经产生压迫和刺激。长期久坐、缺乏运动的女性，盆腔血液循环不畅，可能会加重这种疼痛。处于孕期的女性，由于子宫增大，对周围组织的压迫增加，若本身有子宫内膜异位症，腰骶部疼痛可能会更明显。
二、性交疼痛
1.深部性交痛
部分患者在性交过程中会出现深部疼痛，尤其是在月经来潮前性交疼痛更明显。这是因为异位的内膜病灶位于阴道穹窿部、子宫骶韧带等部位，性交时碰撞或子宫收缩上提会引起疼痛。性生活频繁、不注意性交卫生的女性，可能会导致盆腔炎症，与子宫内膜异位症相互影响，加重性交疼痛。绝经后的女性，由于雌激素水平下降，阴道黏膜变薄、弹性降低，若有子宫内膜异位症，性交疼痛可能会更难以忍受。
三、肠道疼痛
1.腹痛、腹泻或便秘
当子宫内膜异位到肠道时，患者会出现腹痛，疼痛部位多在脐周或下腹部，同时可能伴有腹泻、便秘等症状，且这些症状在月经期间会加重。这是因为经期肠道内的异位内膜出血，刺激肠道黏膜，引起肠道功能紊乱。长期饮食不规律、膳食纤维摄入不足的女性，本身肠道功能可能较弱，患肠道子宫内膜异位症时，肠道症状会更突出。有肠道手术史的女性，肠道发生粘连和子宫内膜异位的可能性增加，肠道疼痛的风险也相应提高。
2.便血
少数情况下，肠道内的异位内膜在经期出血较多时，可能会出现便血。这种情况相对少见，但提示病情可能较为严重。年龄较大的女性，肠道的自我修复能力较差，若出现便血，可能会导致贫血等并发症，需要格外关注。
四、泌尿系统疼痛
1.尿痛、血尿
如果子宫内膜异位到膀胱、输尿管等泌尿系统器官，患者会出现尿痛、尿频等症状，严重时还可能出现血尿。经期时，泌尿系统内的异位内膜出血，刺激尿路黏膜，引发疼痛和炎症反应。经常憋尿、喝水少的女性，泌尿系统的抵抗力下降，容易发生感染，合并子宫内膜异位症时，泌尿系统症状会更明显。妊娠期女性，增大的子宫可能会压迫输尿管，若有泌尿系统子宫内膜异位症，会进一步加重尿路梗阻和疼痛症状。
