新生儿红细胞增多症可能存在后遗症，但并非所有患儿都会出现。
新生儿红细胞增多症若未及时有效治疗，可能引发多种后遗症。血液黏稠度增加会导致局部血液循环不畅，器官供血不足，易引发血栓形成，影响重要脏器功能；心脑血管方面，可能增加心脏负担，导致心肌肥厚甚至心力衰竭，还可能影响脑血管，增加脑血管疾病风险；黄疸持续也是常见问题，红细胞破坏增多使胆红素生成增加，黄疸可能持续时间长且严重；此外，还可能影响营养物质和氧气的输送，导致生长发育迟缓，以及影响大脑正常发育和功能，造成认知、运动等方面的障碍。不过，部分患儿经及时治疗，可能不会留下明显后遗症。
若新生儿出现红细胞增多症相关症状，如皮肤和巩膜发黄、嗜睡、喂养困难、呼吸急促或心跳过快等，家长应高度重视，及时带新生儿前往正规医院的儿科或新生儿科就诊。医生会根据临床表现和实验室检查结果进行诊断，并制定合适的治疗方案，以减少后遗症的发生风险。
