先天性心脏病具有一定遗传性，部分由特定基因突变或染色体异常导致，如21-三体综合征合并先心病及马方综合征等单基因遗传病；遗传与环境因素交互作用，孕妇孕期不良生活习惯、环境暴露等会增加子代患病风险，不同年龄、性别先心病遗传易感性有差异，有家族史人群备孕及孕期需密切产前监测
先天性心脏病的发生与遗传因素存在关联。部分先天性心脏病是由特定的基因突变或染色体异常导致的，这些异常可通过遗传方式传递给子代。例如，21-三体综合征（唐氏综合征）患儿常合并先天性心脏病，其21号染色体多了一条，这种染色体数目异常的遗传特性使得患儿发生先天性心脏病的风险显著增加。一些单基因遗传病也可引起先天性心脏病，如马方综合征，它是由FBN1基因缺陷导致的常染色体显性遗传病，患者除了有骨骼、眼等方面的异常外，心血管系统也易受累，出现主动脉扩张等心脏病变。
遗传与环境因素的交互作用
虽然遗传因素在先天性心脏病的发生中起一定作用，但环境因素也不容忽视。孕妇在孕期的不良生活习惯和环境暴露等都可能增加子代患先天性心脏病的风险。比如，孕妇在妊娠早期接触某些致畸物质，如放射性物质、某些药物（如抗肿瘤药物等）、感染风疹病毒等，即使没有遗传易感性，也可能引发胎儿心脏发育异常；而对于本身有遗传易感性的个体，若再加上孕期不良环境因素的影响，会大大提高先天性心脏病的发生几率。不同年龄阶段的人群，其先天性心脏病的遗传易感性表现可能不同，儿童时期可能更易因遗传因素与环境因素的协同作用而发病，而对于成年后才发现的先天性心脏病，也可能与遗传背景下长期受环境因素累积影响有关。在性别方面，某些类型的先天性心脏病在男女中的发病风险可能因遗传易感性的差异而有所不同，但总体而言，遗传因素是其中一个重要的潜在致病因素。对于有先天性心脏病家族史的人群，在备孕及孕期需要更加密切地进行产前监测，如进行胎儿心脏超声检查等，以便早期发现可能存在的心脏发育异常情况，采取相应的应对措施。
