金匮肾气丸有改善肾阳虚相关症状、调节肾脏功能、对心血管系统有影响、提高机体免疫力等功效，孕妇禁用，老年人需在医生指导下谨慎用药，有严重基础疾病患者使用前应咨询医生。
改善肾阳虚相关症状：中医理论中肾阳虚可表现为腰膝酸软冷痛、畏寒肢冷（尤以下肢为甚）、小便不利或夜尿频多等。现代研究发现，金匮肾气丸能通过调节机体的内分泌和免疫系统等发挥作用。有研究表明，它可调节下丘脑-垂体-肾上腺皮质轴功能，改善肾阳虚患者的内分泌紊乱状况，从而缓解腰膝酸软冷痛等因肾阳虚导致的不适症状。
调节肾脏功能：对肾脏具有一定的保护和调节作用。能增加肾血流量，改善肾脏微循环，促进肾脏的新陈代谢。对于一些因肾虚引起的肾脏功能异常情况有一定的改善作用，比如在实验研究中发现，金匮肾气丸可减轻肾脏缺血再灌注损伤，通过抗氧化应激、抑制炎症反应等多种途径来保护肾脏细胞，维持肾脏的正常结构和功能。
对心血管系统的影响：有助于改善心血管功能。可以通过扩张血管，降低外周血管阻力，从而起到一定的降压作用。同时，还能改善心肌缺血状况，增加心肌供血供氧，对一些由肾阳虚引起的心血管相关病症有一定的调节作用。例如，研究发现金匮肾气丸能增加冠状动脉血流量，改善心肌的能量代谢，对心肌缺血大鼠的心肌损伤有保护作用。
提高机体免疫力：能够增强机体的免疫功能。可调节机体的细胞免疫和体液免疫，提高机体的抗病能力。通过调节免疫细胞的活性和免疫因子的分泌等，使机体的免疫防御、免疫自稳和免疫监视功能得到改善，对于一些因肾虚导致免疫力低下，容易反复感染疾病的人群有一定的益处。
对于特殊人群，如孕妇应禁用金匮肾气丸，因为其中某些成分可能对胎儿产生不良影响；老年人使用时需在医生指导下谨慎用药，由于老年人各脏器功能有所减退，药物代谢和排泄能力下降，要密切关注用药后的反应；有严重基础疾病（如心脏病、肝病、糖尿病、肾病等）的患者，使用金匮肾气丸前应咨询医生，因为这些患者可能存在复杂的病情相互影响，需要医生综合评估后决定是否使用及调整用药方案等。
