脑干脑炎的症状多样，主要包括一般症状、神经系统症状和精神症状。一般症状有发热（体温38℃40℃，儿童、有免疫系统疾病史者表现不同）、头痛（全头部胀痛或搏动性，老年人、精神紧张者情况特殊）、乏力（疾病消耗及脑干功能异常所致，体质弱者更突出）；神经系统症状包括眼球运动障碍（炎症侵袭相关神经核和传导通路，儿童、糖尿病患者表现有别）、面瘫（面神经核或纤维受损，老年人、面部有外伤者症状不同）、吞咽困难和构音障碍（疑核等结构受损，儿童、有脑血管病史者受影响大）、肢体运动和感觉障碍（炎症影响神经传导通路，年轻人、有颈腰椎病者恢复和表现不同）、呼吸和循环障碍（严重时影响相关中枢，婴幼儿、有心脏疾病史者病情危险）；精神症状有不同程度的意识障碍（网状激活系统受损，老年人、长期酗酒者恢复差）和精神异常（炎症影响神经联系致递质失衡，青少年、有精神病史者受影响大）。
一、一般症状
1.发热：脑干脑炎患者通常会出现发热症状，体温可高达38℃40℃不等。这是由于病毒、细菌等病原体感染引发机体的免疫反应，免疫系统释放炎性介质导致体温调节中枢紊乱。儿童患者因体温调节中枢发育尚未完善，发热可能更为明显且波动较大。有免疫系统疾病史的患者，发热可能持续时间更长、程度更重。
2.头痛：头痛较为常见，多为全头部的胀痛或搏动性疼痛。这是因为炎症刺激脑干周围的神经和血管，导致颅内压轻微升高或神经功能异常。老年人对疼痛的耐受性可能较高，头痛症状可能相对不典型，但一旦出现，往往提示病情较重。生活方式上长期精神紧张、压力大的患者，头痛可能会因精神因素而加重。
3.乏力：患者常感到全身乏力、疲倦，活动耐力明显下降。这是由于疾病消耗身体能量，以及脑干功能异常影响神经肌肉的调节功能。体质较弱的患者，如患有慢性疾病或营养不良的人群，乏力症状可能更为突出。
二、神经系统症状
1.眼球运动障碍：可表现为眼球活动受限、复视等。脑干中有多个与眼球运动相关的神经核和神经传导通路，炎症侵袭会导致这些结构功能受损。例如，动眼神经核受损可引起上睑下垂、眼球外斜等。儿童患者可能因表达能力有限，眼球运动障碍可能需要家长仔细观察才能发现。有糖尿病史的患者，由于神经病变可能影响神经的修复，眼球运动障碍恢复可能较慢。
2.面瘫：可出现周围性面瘫，表现为患侧面部表情肌瘫痪，额纹消失、眼裂不能闭合或闭合不全、鼻唇沟变浅、口角下垂等。这是因为面神经核或面神经纤维在脑干内受损。老年人面部肌肉松弛，面瘫症状可能在外观上更为明显。生活中面部曾受过外伤的患者，面瘫症状可能会因原有损伤而加重。
3.吞咽困难和构音障碍：患者吞咽食物和水时可能会出现呛咳，说话含糊不清。这是由于脑干中的疑核等结构受损，影响吞咽和发音的神经调节。儿童吞咽功能本身相对不完善，吞咽困难可能导致进食减少、营养摄入不足。有脑血管病史的患者，脑干局部血液循环可能已经存在一定问题，吞咽困难和构音障碍可能更为严重且恢复困难。
4.肢体运动和感觉障碍：可出现肢体无力、麻木、刺痛等症状，严重时可导致肢体瘫痪。脑干是连接大脑和脊髓的重要枢纽，炎症影响神经传导通路会导致肢体运动和感觉功能异常。年轻人如果平时缺乏运动，肢体的肌肉力量和协调性可能较差，肢体运动障碍恢复可能相对较慢。有颈椎病或腰椎病的患者，可能会因原有神经压迫症状而使肢体感觉障碍表现更为复杂。
5.呼吸和循环障碍：严重的脑干脑炎可能影响呼吸中枢和心血管中枢，导致呼吸节律改变、心率异常等。呼吸可能变得浅快或不规则，心率可能增快或减慢。婴幼儿呼吸和循环系统功能尚未发育成熟，一旦出现呼吸和循环障碍，病情进展迅速且危险程度高。有心脏疾病史的患者，呼吸和循环障碍可能会诱发原有心脏病加重。
三、精神症状
1.意识障碍：患者可出现嗜睡、昏睡甚至昏迷等不同程度的意识障碍。这是由于脑干的网状激活系统受损，影响大脑的觉醒状态。老年人的大脑功能储备较低，意识障碍可能更容易发生且恢复较慢。长期酗酒的患者，因酒精对神经系统的损害，意识障碍可能更为严重且预后较差。
2.精神异常：可表现为烦躁不安、谵妄、幻觉、妄想等。这是因为炎症影响脑干与大脑其他部位的神经联系，导致神经递质失衡。青少年患者在心理上较为敏感，精神异常可能会对其心理造成更大的影响，需要更多的心理支持。有精神病史的患者，精神症状可能会复发或加重。
