窦性心律不齐能否自愈取决于其成因。
当情绪紧张、焦虑或者激动时，人体的交感神经兴奋，会引起窦性心律不齐，这种窦性心律不齐通常是暂时的，当情绪恢复平静后，心律也会随之恢复正常，一般不需要特殊治疗。
剧烈运动后也可能出现窦性心律不齐，因为运动时身体对氧气和能量的需求增加，心脏的泵血功能需要做出调整，从而导致心律变化，在运动停止后，身体经过一段时间的休息和恢复，心脏的节律通常会自行调整回正常状态。
但是，如果是由冠心病、心肌病等心脏疾病导致的窦性心律不齐，一般不会自愈，因为这些疾病会对心脏的传导系统或者心肌本身造成器质性损害，如冠心病患者由于心肌缺血，影响了心脏的正常电生理活动，需要针对基础疾病进行治疗。
