小孩早起咳嗽可能由多种因素引起，包括呼吸道感染（如病毒、细菌、支原体感染，分别会使呼吸道产生炎症、痰液，引发免疫反应，导致分泌物增多刺激气道咳嗽）、过敏因素（环境过敏如接触卧室尘螨等过敏原，食物过敏如食用牛奶等过敏食物，都会引发免疫反应使呼吸道黏膜改变而咳嗽）、空气干燥（夜间卧室空气干燥使呼吸道黏膜失水，纤毛运动受影响，分泌物排出不畅引发咳嗽）、鼻后滴漏综合征（鼻炎等鼻部疾病使鼻腔分泌物夜间倒流至咽喉，早起刺激神经末梢咳嗽）以及胃食管反流（小孩食管下括约肌功能弱，夜间平躺易使胃内容物反流至咽喉引发咳嗽）。
一、呼吸道感染
1.病毒感染：常见的如鼻病毒、流感病毒等引起的上呼吸道感染是小孩早起咳嗽的常见原因。病毒入侵呼吸道后，会引起呼吸道黏膜的炎症反应，导致分泌物增多，经过一夜睡眠，分泌物在呼吸道积聚，早起时刺激呼吸道引发咳嗽。这种咳嗽通常伴有鼻塞、流涕、咽痛等症状。小孩免疫力相对较低，尤其是在季节交替、气温变化大时更易感染。生活中如果小孩经常去人员密集、通风不好的场所，感染几率会增加。若本身有过敏史的小孩，感染后咳嗽可能会更严重且持续时间更长。
2.细菌感染：如肺炎链球菌、葡萄球菌等细菌感染可导致支气管炎、肺炎等下呼吸道疾病。细菌感染引发的炎症会使呼吸道产生大量痰液，睡眠时痰液在气道内积聚，早起时身体体位改变，痰液流动刺激气道引发咳嗽。症状可能包括发热、咳痰，痰液可为黄色或绿色等。如果小孩平时不注意个人卫生，如不勤洗手，易接触到细菌而引发感染。有慢性扁桃体炎等病史的小孩，细菌可能隐匿在扁桃体等部位，在身体抵抗力下降时引发呼吸道感染咳嗽。
3.支原体感染：支原体感染引起的咳嗽较为顽固，可持续较长时间。支原体感染后，会黏附在呼吸道上皮细胞表面，引发免疫反应，导致呼吸道黏膜受损，分泌物增多。早起时由于气道敏感性增加，咳嗽症状会更明显。一般起病较缓慢，咳嗽多为刺激性干咳，可伴有发热、头痛等症状。支原体感染在幼儿园、学校等集体场所容易传播，如果小孩处于这样的环境中，感染风险较高。
二、过敏因素
1.环境过敏：卧室中的尘螨、动物毛发、花粉等过敏原，在小孩睡眠过程中持续接触，可引发呼吸道过敏反应。夜间睡眠时，小孩的呼吸道相对处于放松状态，对过敏原的敏感性可能增加。早起时，呼吸道受到过敏原刺激，出现咳嗽症状。过敏体质的小孩更容易出现这种情况，咳嗽可能为阵发性，同时可能伴有打喷嚏、鼻痒、眼痒等症状。如果卧室通风不好、卫生清洁不到位，尘螨等过敏原容易积聚。有哮喘病史的小孩，接触过敏原后不仅咳嗽，还可能诱发哮喘发作。
2.食物过敏：有些小孩可能对牛奶、鸡蛋、海鲜等食物过敏。如果前一晚进食了过敏食物，经过一夜消化吸收，过敏原在体内产生免疫反应，可能导致呼吸道黏膜水肿、分泌物增多，早起时出现咳嗽。食物过敏引起的咳嗽可能伴有皮疹、呕吐、腹泻等其他过敏症状。对于有食物过敏史的小孩，家长在饮食上需特别注意，避免食用过敏食物。年龄较小的小孩，消化系统发育不完善，对食物的耐受性较差，更容易出现食物过敏相关的咳嗽。
三、空气干燥
夜间睡眠时，如果卧室空气干燥，会使小孩的呼吸道黏膜失去水分，变得干燥脆弱。呼吸道黏膜的纤毛运动功能会受到影响，分泌物排出不畅，早起时呼吸道受到刺激引发咳嗽。尤其是在秋冬季节，气候本身就干燥，再加上使用暖气、空调等设备，会使室内空气更加干燥。干燥引起的咳嗽一般为干咳，无明显痰液。对于本身有慢性鼻炎等病史的小孩，呼吸道黏膜更容易受到干燥空气的影响，咳嗽症状可能更明显。小孩如果平时喝水较少，呼吸道黏膜的湿润度更难维持，也容易因空气干燥而咳嗽。
四、鼻后滴漏综合征
小孩如果有鼻炎、鼻窦炎等鼻部疾病，夜间睡眠时，鼻腔内的分泌物会向后倒流至咽喉部，积聚在咽喉处。早起时，分泌物刺激咽喉部的神经末梢，引发咳嗽。鼻后滴漏综合征引起的咳嗽通常伴有鼻塞、流涕、咽部异物感等症状。如果小孩有腺样体肥大等问题，会影响鼻腔通气和引流，更容易导致鼻后滴漏。有家族鼻炎病史的小孩，患鼻后滴漏综合征的几率相对较高。
五、胃食管反流
小孩的食管下括约肌发育不完善，功能相对较弱。夜间睡眠时平躺的姿势，容易使胃内容物反流至食管，甚至反流到咽喉部，刺激咽喉引发咳嗽。胃食管反流引起的咳嗽可能伴有反酸、烧心、恶心等症状。如果小孩晚餐进食过多、过晚，或者进食后很快就上床睡觉，会增加胃食管反流的发生几率。肥胖的小孩，腹部压力较大，也更容易出现胃食管反流。有先天性食管裂孔疝等病史的小孩，胃食管反流的情况可能更严重。
