亚急性甲状腺炎病因主要与病毒感染有关，最常见柯萨奇病毒等，病毒感染引发免疫反应致甲状腺滤泡炎症，部分与遗传易感性相关，环境因素如过度劳累等也有作用，中青年女性相对易患，不同人群发病情况及特殊人群有不同特点但基本机制类似
病毒感染引发免疫反应：当人体感染上述病毒后，病毒会在甲状腺组织内繁殖，从而引起甲状腺滤泡的炎症反应。病毒作为抗原，会刺激机体的免疫系统产生免疫反应，免疫系统中的淋巴细胞等会对受感染的甲状腺组织进行攻击，导致甲状腺滤泡细胞的破坏，进而引发亚急性甲状腺炎。
遗传易感性影响：部分研究表明，亚急性甲状腺炎的发生可能与遗传因素有关。某些特定的基因多态性可能会增加个体对病毒感染后发生亚急性甲状腺炎的易感性。例如，某些人类白细胞抗原（HLA）基因的变异可能与亚急性甲状腺炎的发病相关，但具体的遗传机制还需要进一步深入研究来明确。
环境因素的作用：环境因素也可能在亚急性甲状腺炎的发病中起到一定作用。例如，过度劳累、精神压力过大等情况可能会影响机体的免疫功能，使机体更容易受到病毒感染的影响，从而增加亚急性甲状腺炎的发病风险。对于不同年龄、性别的人群，其发病的具体情况也有所不同。一般来说，中青年女性相对更容易患亚急性甲状腺炎。在生活方式方面，长期处于高压力、不健康生活方式（如缺乏运动、作息不规律等）的人群，患病风险可能更高。有既往病毒感染病史的人群，再次感染相关病毒时发生亚急性甲状腺炎的可能性也会增加。对于儿童等特殊人群，由于其免疫系统尚未完全发育成熟，在感染病毒后发生免疫反应的特点可能与成人有所不同，但目前关于儿童亚急性甲状腺炎因的研究相对成人来说还相对较少，但同样遵循病毒感染引发免疫反应等基本发病机制，在护理等方面需要更加注重儿童的特殊生理和心理特点，密切关注病情变化，采取合适的非药物干预等措施来促进康复。
