灌肠可能带来多种风险，包括频繁或不恰当灌肠致肠道黏膜机械性损伤（儿童等特殊人群风险更高）、影响肠道菌群平衡引发功能紊乱（长期依赖灌肠及老年人更易受影响）、不当使用灌肠液或量过大致电解质紊乱（心肾功能不全者、孕妇风险更高）、操作不当致肠穿孔（有肠道基础疾病者、老年人群风险高）、器具消毒不严或环境不卫生致肠道感染（儿童、免疫功能低下人群风险更高）。
肠道菌群失调
灌肠会影响肠道正常的菌群平衡。正常肠道菌群对维持肠道的生理功能至关重要，包括帮助消化、抵御外来病菌入侵等。频繁灌肠会大量冲洗掉肠道内的有益菌群，使得有害菌可能趁机大量繁殖，进而引发一系列肠道功能紊乱问题，如腹泻、便秘等症状的出现。对于长期依赖灌肠来维持排便的人群，肠道菌群失调的情况往往更为严重，而且不同年龄阶段的人群受影响程度可能不同，老年人肠道自身调节能力较弱，更容易因肠道菌群失调出现相关不适。
电解质紊乱
大量不保留灌肠时，若使用的灌肠液成分不当或灌肠量过大，可能会引起电解质紊乱。例如使用大量低渗灌肠液时，水分会大量进入肠道，导致血液中的电解质被稀释，出现如低钠血症等情况。对于患有基础疾病如心肾功能不全的人群，电解质紊乱的风险更高，因为这类人群自身调节电解质平衡的能力较差，灌肠操作更易打破其原本就脆弱的电解质平衡状态；孕妇由于身体处于特殊的生理阶段，电解质紊乱可能会对自身和胎儿造成不良影响，需要特别谨慎对待灌肠操作。
肠穿孔风险
严重的灌肠操作不当可能引发肠穿孔，这是一种较为严重的并发症。例如灌肠时用力过猛、使用的灌肠器具过硬或操作手法不规范等情况都可能导致肠穿孔。对于有肠道基础疾病如肠道肿瘤、肠粘连等病史的人群，肠穿孔的风险会显著增加，因为其肠道本身存在结构或功能的异常，灌肠操作更容易诱发肠穿孔这一严重后果；老年人群由于肠道蠕动功能减弱、肠道弹性降低等因素，也相对更易在灌肠时发生肠穿孔。
感染风险
若灌肠器具消毒不严格或操作环境不卫生，容易导致肠道感染。病原体可能通过灌肠途径进入肠道，引发肠道炎症等感染性疾病。儿童由于自身免疫力相对较低，在灌肠过程中感染的风险相对更高，需要严格保证灌肠操作的无菌环境；对于免疫功能低下的人群，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的患者等，灌肠导致感染的后果可能更为严重，因此这类人群应尽量避免不必要的灌肠操作。
