肝脓肿有细菌性和阿米巴性等常见病因，细菌性肝脓肿可经胆道逆行、门静脉系统、肝动脉播散及邻近器官感染直接蔓延引起，阿米巴性肝脓肿是肠道阿米巴病并发症；不同年龄段、性别肝脓肿风险有差异，长期饮酒、不注意饮食卫生等生活方式及有相关病史人群易患肝脓肿。
细菌性肝脓肿
经胆道逆行感染：这是最主要的病因，在我国较为常见。胆道蛔虫、胆管结石等胆道疾病可导致胆道梗阻，使胆道内压力升高，细菌（如大肠杆菌等）可沿胆道逆行进入肝脏，引发肝脓肿。例如，当患者存在胆管结石时，结石阻塞胆管，胆汁淤积，利于细菌滋生繁殖，进而经胆道系统蔓延至肝脏形成脓肿。
经门静脉系统感染：肠道内的细菌可通过门静脉系统转移至肝脏。如患有化脓性阑尾炎、细菌性痢疾等疾病时，肠道内的细菌可经门静脉入肝，引起肝脓肿。比如，化脓性阑尾炎时，阑尾静脉中的感染性血栓可沿门静脉回流至肝脏，导致肝脏感染形成脓肿。
经肝动脉播散：身体其他部位的化脓性病灶，如败血症、化脓性骨髓炎等，其病原菌可经肝动脉进入肝脏。例如，患者发生金黄色葡萄球菌败血症时，细菌随血流进入肝脏，可引起肝脓肿。
邻近器官感染直接蔓延：如膈下脓肿、胆囊炎等邻近器官的感染可直接蔓延至肝脏。当膈下脓肿形成后，炎症可向周围组织扩散，累及肝脏，导致肝脓肿。
阿米巴性肝脓肿：是肠道阿米巴病的并发症。肠道内的溶组织阿米巴滋养体可经门静脉系统进入肝脏。患者多有阿米巴痢疾病史，肠道内的阿米巴原虫通过血流到达肝脏，在肝脏内繁殖，破坏肝组织，形成脓肿。
年龄方面，不同年龄段人群患肝脓肿的风险可能因基础疾病等因素不同而有差异。儿童可能因特殊的生理结构及易患的感染性疾病等因素增加肝脓肿风险；老年人由于机体免疫力下降，合并基础疾病（如糖尿病等）的概率较高，也更容易发生肝脓肿。性别方面，一般无明显的性别差异，但不同性别可能因生活方式及基础疾病的发生情况略有不同。生活方式方面，长期饮酒、不注意饮食卫生等可能增加患肝脓肿的风险，例如长期饮酒可导致肝脏损伤，降低肝脏的抵抗力，易受细菌或阿米巴原虫感染；不注意饮食卫生可能增加肠道感染的机会，进而增加经门静脉系统感染肝脏的风险。病史方面，有胆道疾病（如胆管结石、胆道蛔虫症）、肠道感染性疾病（如阿米巴痢疾、细菌性痢疾）、败血症、化脓性骨髓炎等病史的人群，发生肝脓肿的概率明显高于无这些病史的人群。
