肛乳头瘤会引起多种症状，包括肛门不适（有异物感）、排便不尽感、肛门瘙痒、出血、疼痛以及排便习惯改变（次数增多或减少），不同人群因自身情况不同症状表现和受影响程度有差异。
一、肛门不适
患者常感觉肛门有异物感，尤其是在排便时，这种异物感可能会更加明显。这是因为肛乳头瘤是肛乳头部位的良性增生，随着瘤体的逐渐增大，会在肛门内占据一定空间，从而引发异物感。不同年龄阶段的人群都可能出现这种情况，年轻人若长期久坐、便秘等不良生活方式，会增加肛乳头瘤发生的风险，进而更容易出现肛门异物感；老年人身体机能下降，也可能因肠道功能紊乱等因素导致肛乳头瘤相关症状出现。
二、排便不尽感
患者在排便后，仍会有粪便未排净的感觉。这是由于肛乳头瘤刺激直肠黏膜，导致直肠产生排便反射，但实际上并没有足够的粪便刺激来完成完全的排便动作。对于有既往肠道疾病病史的患者，如曾经有过肠炎等疾病，其肠道黏膜敏感性较高，更容易出现排便不尽感的症状。
三、肛门瘙痒
瘤体可刺激肛门周围的皮肤，导致分泌物渗出，进而引起肛门瘙痒。分泌物的产生与瘤体对肛门局部环境的影响有关，长期的肛门瘙痒可能会使患者搔抓肛门，进一步加重皮肤损伤和瘙痒症状。女性患者在生理期等特殊时期，局部卫生情况若不佳，会加重肛门瘙痒的程度；男性患者若有不良的卫生习惯，也容易诱发肛门瘙痒。
四、出血
排便时粪便可能会摩擦瘤体表面，导致少量出血，表现为粪便表面带血或便后手纸上有血迹。出血的程度一般较为轻微，但如果瘤体较大或受到较强烈的摩擦，也可能出现较明显的出血情况。儿童患者由于其肛门组织相对娇嫩，在排便时更容易因粪便摩擦而导致肛乳头瘤出血，且儿童可能不太会准确表达自身症状，需要家长密切观察。
五、疼痛
当肛乳头瘤脱出肛门外时，可发生嵌顿，引起肛门疼痛。这种疼痛较为剧烈，尤其是在行走、坐下或排便时。不同性别患者对疼痛的耐受程度有所不同，但一旦发生嵌顿，都会严重影响患者的生活质量。有肛门手术史等病史的患者，其肛门局部解剖结构可能发生改变，更容易出现肛乳头瘤脱出嵌顿及相应疼痛症状。
六、排便习惯改变
可能出现排便次数增多或减少的情况。如果瘤体刺激直肠，可能会导致排便次数增多；而如果瘤体堵塞肠道，可能会引起排便困难，导致排便次数减少。长期的排便习惯改变会影响患者的日常生活和营养摄入，对于老年人等特殊人群，排便习惯改变可能会引发一系列健康问题，如因便秘导致的心脑血管意外等。
