扁桃体肿大可由感染因素、免疫因素及其他因素引起。感染因素包括急性扁桃体炎反复发作、慢性扁桃体炎；免疫因素有自身免疫反应；其他因素涉及年龄、生活方式及邻近器官疾病影响，如儿童生理性肥大及病理性肥大、长期烟酒与空气污染刺激、邻近器官炎症或腺样体肥大影响等。
一、感染因素
1.急性扁桃体炎反复发作：当机体抵抗力降低时，如儿童因自身免疫系统发育尚不完善，更容易受到病原体侵袭，乙型溶血性链球菌是最常见的致病菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可引起。病原体在扁桃体隐窝内繁殖，反复引起扁桃体炎症，导致扁桃体充血、水肿，进而肿大。例如，儿童在秋冬季节或季节交替时，由于气温变化大，容易患上呼吸道感染，如果扁桃体炎反复发作，就可能使扁桃体逐渐肿大。
2.慢性扁桃体炎：多由急性扁桃体炎迁延而来，炎症持续刺激扁桃体，使其淋巴细胞、网状细胞增生，纤维结缔组织增生，导致扁桃体体积增大。成年人如果既往有急性扁桃体炎病史，没有得到彻底治疗，也可能发展为慢性扁桃体炎，出现扁桃体大的情况。而且一些患有鼻窦炎、咽炎等邻近器官慢性炎症的患者，炎症蔓延至扁桃体，也可引发慢性扁桃体炎，导致扁桃体肿大。
二、免疫因素
1.自身免疫反应：在某些情况下，扁桃体可能成为自身免疫反应的靶器官。例如，当机体的免疫系统出现紊乱时，可能错误地将扁桃体组织识别为外来抗原，从而发起免疫攻击，导致扁桃体组织增生、肿大。这种情况在一些自身免疫性疾病相关的扁桃体肿大中较为常见，但相对来说比例较低。
三、其他因素
1.年龄因素：儿童时期扁桃体是免疫器官，生理性肥大较为常见。一般在6-7岁时扁桃体达到最大，随后可能会逐渐退缩。但如果儿童时期扁桃体炎反复发作，就可能导致病理性的扁桃体过度肥大。而成年人扁桃体通常相对稳定，如果出现扁桃体大，多是由炎症等病理性因素引起。
2.生活方式因素：长期吸烟、饮酒的人，烟草中的尼古丁、焦油等有害物质以及酒精都会对扁桃体产生刺激，容易引发扁桃体的炎症反应，长期刺激可导致扁桃体肿大。此外，长期处于空气污染严重的环境中，吸入的有害颗粒等也可能损伤扁桃体组织，引起扁桃体肿大。
3.邻近器官疾病影响：如鼻腔及鼻窦的炎症，像慢性鼻窦炎，炎症产生的分泌物可经后鼻孔流入咽部，长期刺激扁桃体，导致扁桃体反复发炎、肿大；腺样体肥大也可影响扁桃体周围的通气和引流，导致扁桃体继发性肥大。例如，腺样体肥大的儿童，由于后鼻孔堵塞，呼吸时气流经口咽，对扁桃体的刺激增加，容易引发扁桃体炎并导致扁桃体肿大。
