扁桃体结石主要由食物残渣、细菌、死细胞、黏液等物质沉积在扁桃体隐窝内逐渐钙化形成，其形成与食物残渣滞留（受年龄、生活方式、病史影响）、细菌作用（细菌种类及作用与年龄、生活方式、病史相关）、黏液分泌及排出障碍（受年龄、环境、疾病等因素影响）等因素有关。
一、扁桃体结石的形成机制
扁桃体结石主要是由食物残渣、细菌、死细胞、黏液等物质沉积在扁桃体隐窝内逐渐钙化形成的。扁桃体隐窝是扁桃体表面存在的一些小凹陷，正常情况下，隐窝内会有一些分泌物起到润滑和保护扁桃体的作用，但如果这些分泌物排出不畅，就会导致一些物质在隐窝内积聚。
（一）食物残渣滞留因素
年龄方面：儿童和青少年相对来说饮食结构多样，更容易有食物碎屑残留在扁桃体隐窝中，比如儿童在进食一些颗粒状食物，如爆米花、坚果等时，就较易有部分食物残渣卡在扁桃体隐窝内。随着年龄增长，口腔清洁习惯等因素可能会影响食物残渣的滞留情况，但成年人如果口腔卫生不佳，也同样会有食物残渣滞留。
生活方式方面：长期吸烟的人群，烟草中的有害物质会刺激扁桃体隐窝，影响分泌物的正常排出，增加食物残渣等物质滞留的风险；而长期酗酒的人，酒精会对口腔和扁桃体局部环境产生不良影响，也可能导致扁桃体隐窝内物质积聚。
病史方面：有扁桃体炎病史的人，扁桃体反复发炎会导致隐窝口肿胀，进一步阻碍分泌物的排出，使得食物残渣、细菌等更易在隐窝内留存并逐渐形成结石。
（二）细菌作用因素
细菌种类及作用：扁桃体隐窝内存在多种细菌，其中一些细菌会参与到结石形成的过程中。例如，某些革兰阳性菌等，它们会分解扁桃体隐窝内的蛋白质等物质，产生一些黏性物质，这些黏性物质会将食物残渣、死细胞等包裹起来，逐渐形成一种类似核心的物质，随着时间推移，不断有其他物质沉积在周围，最终形成结石。
与年龄、生活方式、病史的关联：儿童免疫系统相对较弱，更容易受到细菌感染，从而增加扁桃体隐窝内细菌滋生的概率；生活不规律、长期处于压力状态下的人群，身体免疫力会下降，也更易让细菌在扁桃体隐窝内大量繁殖，促进结石形成；有慢性扁桃体炎等病史的人，其扁桃体局部的细菌环境本就不太稳定，细菌更容易参与到结石的形成过程中。
（三）黏液分泌及排出障碍因素
黏液分泌情况：扁桃体本身会分泌黏液，正常情况下黏液可以通过隐窝口排出。但如果受到一些因素影响，如炎症刺激等，黏液的分泌量和性质会发生改变。例如，当扁桃体发生炎症时，黏液分泌可能会增多且变得更加黏稠。
与各因素的关系：年龄较小的儿童，其扁桃体黏液分泌的调节机制相对不够完善，更容易出现黏液分泌异常；长期处于干燥环境或有张口呼吸习惯的人，会使口腔和扁桃体局部水分丢失，导致黏液变得黏稠，不易排出，进而有利于结石形成；有过敏性鼻炎等疾病的人，可能会因为鼻腔通气不畅而不自觉地张口呼吸，同时炎症也可能波及扁桃体，影响黏液的正常排出，增加扁桃体结石形成的可能性。
