直肠阴瘘的成因包括先天性因素和后天性因素，先天性因素主要是胚胎发育异常致泄殖腔分隔障碍；后天性因素有产科损伤（分娩或手术损伤）、直肠肛管疾病（直肠恶性肿瘤或直肠脓肿）、盆腔恶性肿瘤治疗后（放疗或手术治疗后损伤相关组织）
一、先天性因素
1.胚胎发育异常：在胚胎发育过程中，泄殖腔分隔异常是导致直肠阴瘘的重要先天性原因。正常胚胎发育至第7-8周时，泄殖腔被尿生殖隔分为背侧的直肠和腹侧的尿生殖窦，若分隔过程出现障碍，就会使直肠与阴道之间形成异常通道，这种情况在女性新生儿中相对较为常见，与胚胎发育时期的基因调控、环境因素等多种因素相关，可能存在家族遗传易感性等情况影响胚胎正常发育进程。
二、后天性因素
1.产科损伤：
分娩损伤：经阴道分娩时，尤其是难产、产程延长、巨大胎儿分娩等情况，可能会造成会阴、阴道与直肠之间的组织撕裂。例如第二产程过长，胎儿对会阴及盆底组织的压迫时间过久，导致局部组织缺血、坏死，进而形成直肠阴瘘。这种情况在经产妇中也可能因盆底组织弹性等因素相对更易发生，与分娩时的产程进展、胎儿大小等产科相关因素密切相关。
产科手术损伤：如会阴侧切、产钳助产等产科手术操作不当，也可能损伤直肠与阴道之间的组织，若术后伤口愈合不良，就有可能形成直肠阴瘘。手术操作过程中对组织的分离、钳夹等可能破坏局部组织的正常结构和血供，增加了术后发生直肠阴瘘的风险。
2.直肠肛管疾病：
直肠恶性肿瘤：直肠的恶性肿瘤不断生长、侵袭，当肿瘤侵犯至阴道时，可导致直肠与阴道之间的组织被破坏，形成直肠阴瘘。例如直肠癌晚期，肿瘤细胞浸润周围组织，包括阴道组织，随着病情进展可能穿透肠壁与阴道相通，这与肿瘤的病理类型、分期、生长方式等相关，不同病理类型的肿瘤侵袭性有所差异，分期越晚，肿瘤侵犯周围组织的可能性越大。
直肠脓肿：直肠周围脓肿若未得到及时有效的治疗，脓肿可能向阴道方向破溃，从而形成直肠阴瘘。直肠脓肿是由于细菌感染等原因导致直肠周围组织发生化脓性炎症，脓肿逐渐增大，压力增高，可穿破周围组织，若破入阴道则会形成直肠阴瘘，其发生与直肠周围组织的细菌感染情况、患者自身的免疫状态等有关，免疫功能低下的患者发生直肠脓肿后更易出现破溃形成瘘管的情况。
3.盆腔恶性肿瘤治疗后：
放疗后：盆腔部位的恶性肿瘤，如宫颈癌等进行放射治疗时，放射线在杀伤肿瘤细胞的同时，也会对周围正常组织造成一定的损伤，包括直肠和阴道组织。长期的放射线损伤可导致直肠与阴道之间的组织发生纤维化、坏死等，进而形成直肠阴瘘。放疗的剂量、照射范围、患者对放疗的耐受程度等都会影响放疗后直肠阴瘘的发生风险，大剂量、大范围的放疗更易损伤周围正常组织。
手术治疗后：盆腔恶性肿瘤手术过程中，可能需要切除部分直肠、阴道相关组织，若手术中对组织的缝合、重建不当，或者术后出现感染等并发症，也可能导致直肠阴瘘的形成。手术方式的选择、手术操作的精细程度以及术后的恢复情况等都会影响术后直肠阴瘘的发生概率。
