肾结石的形成与代谢异常相关因素和局部因素有关。代谢异常相关因素包括尿液成分异常（如尿钙、尿酸、草酸排泄异常，儿童先天性代谢酶缺陷，不同性别饮食等生活方式差异，长期饮水少、高蛋白高糖饮食及有代谢性疾病病史等）和尿量减少（儿童摄入水分不足、不同性别饮水习惯不同、长期高温环境出汗未补水及有肾脏疾病病史等）；局部因素包括尿路梗阻（儿童先天性尿路畸形、女性妇科疾病压迫尿道、有泌尿系统结石病史等）和感染（儿童泌尿系统感染未及时治疗、女性生理特点易感染、不注意个人卫生及有泌尿系统感染病史等）。
一、代谢异常相关因素
1.尿液成分异常：尿液中某些物质的浓度过高是形成肾结石的重要原因。例如，尿钙排泄增加（高钙尿症），当尿钙排泄量持续高于正常水平时，钙盐就容易在肾脏内沉积形成结石；尿酸排泄过多（高尿酸尿症），尿酸在尿液中浓度过高时，可析出结晶并逐渐形成尿酸结石；草酸排泄增多（高草酸尿症），如摄入过多富含草酸的食物（如菠菜、苋菜等），或者体内草酸代谢异常，都会使尿液中草酸含量升高，增加草酸钙结石形成的风险。年龄方面，儿童如果存在先天性代谢酶缺陷等情况可能导致代谢异常，进而引发肾结石；性别上，一般没有明显的性别差异导致代谢异常直接引发肾结石，但不同性别在饮食等生活方式上的差异可能间接影响；生活方式中，长期饮水过少、高蛋白高糖饮食等都可能影响尿液成分，增加代谢异常导致肾结石的风险；有代谢性疾病病史的人群，如甲状旁腺功能亢进症患者，由于甲状旁腺素分泌过多，会导致血钙升高，进而引起高钙尿症，增加肾结石发生几率。
2.尿量减少：尿量减少会使尿液中各种溶质的浓度相对升高，容易析出结晶形成结石。年龄较小的儿童如果摄入水分不足，就可能导致尿量减少从而增加肾结石风险；不同性别在日常生活中如果饮水习惯不同，比如男性可能因为工作等原因饮水相对较少，女性如果不注意主动饮水也会导致尿量减少；生活方式中，长期处于高温环境、大量出汗而未及时补充水分等情况都会使尿量减少；有肾脏疾病病史的人群，肾脏浓缩功能可能受损，也容易出现尿量减少的情况，进而增加肾结石风险。
二、局部因素
1.尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液在肾脏内潴留，一方面有利于结石物质的沉积，另一方面梗阻部位以上的尿液中晶体物质更容易聚集形成结石。年龄较小的儿童如果存在先天性尿路畸形，如肾盂输尿管连接部狭窄等，就容易引起尿路梗阻进而导致肾结石；女性如果存在妇科疾病等情况压迫尿道可能导致尿路梗阻；生活方式中，长期久坐等可能影响尿液的正常排出，但相对来说不是主要因素；有泌尿系统结石病史的人群，再次发生结石时也容易出现尿路梗阻的情况，形成恶性循环。
2.感染：尿路感染时，细菌、脓块等可作为结石形成的核心，促使尿液中晶体附着沉积形成结石。儿童泌尿系统感染如果未得到及时有效的治疗，容易引发肾结石；女性由于尿道短等生理特点更容易发生泌尿系统感染，从而增加肾结石风险；生活方式中，不注意个人卫生等可能增加感染几率进而引发肾结石；有泌尿系统感染病史的人群，发生肾结石的可能性相对较高。
