肛瘘症状分为局部和全身症状，局部症状包括：流脓，新肛瘘流脓多且稠臭，后渐减少变稀，外口封闭可致肿痛，久坐、不注意卫生及有糖尿病等基础病患者症状易加重；疼痛，静止期坠胀，脓液积聚时胀痛或跳痛，老年人、生理期女性、熬夜劳累及有肛周手术史患者疼痛情况较特殊；瘙痒，因脓液刺激引起，儿童、出汗多、不注意卫生及有过敏史患者症状更严重。全身症状包括：发热，急性感染期炎症范围大时出现，儿童、劳累饮酒男性及有慢性消耗性疾病患者发热情况特殊；乏力，因炎症消耗和发热导致，老年人、经期女性、饮食不规律及有贫血病史患者乏力更明显。
一、局部症状
1.流脓：这是肛瘘的主要症状之一。新形成的肛瘘流脓较多，质地粘稠，颜色黄且有臭味。随着时间推移，瘘管形成并逐渐稳定，流脓量会减少，时有时无，质地也会变稀。若外口暂时封闭，脓液积聚，可出现局部肿痛，封闭的外口再次破溃或形成新的外口后，脓液流出，症状会缓解。不同年龄段和性别的患者在流脓情况上差异不大，但生活方式方面，经常久坐、不注意肛门局部卫生的患者，流脓可能更易引发局部感染，导致症状加重。有糖尿病等基础病史的患者，由于自身免疫力相对较低，肛瘘处的炎症反应可能更明显，流脓情况可能更严重且难以愈合。
2.疼痛：肛瘘在静止期一般疼痛不明显，仅感觉局部坠胀不适。当瘘管内有脓液积聚、引流不畅时，会出现局部胀痛或跳痛，行走或活动时疼痛可能加剧。若外口封闭后再次破溃，疼痛可暂时缓解。对于老年人，由于对疼痛的敏感度可能相对较低，可能对疼痛的描述不够准确，容易延误病情。女性在生理期时，由于身体激素水平变化，局部血液循环改变，可能会使肛瘘处的疼痛感觉更明显。生活中经常熬夜、过度劳累的患者，身体抵抗力下降，也会使疼痛症状更突出。有肛周手术史的患者，肛瘘处的疼痛可能与手术瘢痕等因素相互影响，疼痛程度和性质可能更复杂。
3.瘙痒：因脓液不断刺激肛周皮肤，可引起瘙痒。患者常不自觉搔抓，导致肛周皮肤破损，可出现湿疹样改变，表现为皮肤粗糙、增厚、色素沉着等。儿童患者由于皮肤娇嫩，瘙痒后搔抓更容易导致皮肤破损，引发感染。男性患者若平时出汗较多，且不及时清洁，肛周局部湿度增加，瘙痒会更严重。生活中不注意个人卫生、不勤换内裤的患者，瘙痒症状也会加重。有过敏史的患者，可能对肛瘘流出的脓液等物质更敏感，瘙痒症状可能更剧烈。
二、全身症状
1.发热：当肛瘘处于急性感染期，炎症范围较大时，可出现发热症状，体温可高达38℃甚至更高。一般儿童患者发热可能更为常见和明显，因为其免疫系统发育尚未完善，对炎症的反应更强烈。男性在身体劳累、饮酒后，身体抵抗力下降，肛瘘急性发作时发热的几率可能增加。有慢性消耗性疾病如肿瘤等病史的患者，发热可能更持久且难以控制。
2.乏力：由于炎症的慢性消耗以及发热等因素，患者可能会感到全身乏力、疲倦，精神状态不佳。老年人本身身体机能下降，在肛瘘病情发作时，乏力症状可能更明显，影响其日常生活活动。女性在月经期合并肛瘘发作时，由于生理期失血等因素，乏力感会更突出。生活中饮食不规律、营养摄入不足的患者，乏力症状也会更严重。有贫血等病史的患者，本身身体能量供应不足，肛瘘发作时乏力会进一步加重。
