肛乳头瘤的引起原因包括慢性炎症刺激（肛门局部炎症及肠道炎症波及）、肛管损伤（医源性损伤及粪便等机械性损伤）、胚胎发育异常、年龄与性别因素（中青年相对易患，性别差异不明确）、生活方式因素（久坐不动及饮食不均衡）
慢性炎症刺激
肛门局部炎症：肛管部位的慢性炎症，如肛窦炎等，长期的炎症刺激会影响肛乳头。肛窦炎时，炎性分泌物不断刺激肛乳头，使其反复受到刺激而发生纤维结缔组织增生，逐渐形成肛乳头瘤。例如，有研究表明，长期存在的肛窦炎症环境中，肛乳头细胞的增殖和分化会出现异常，导致肛乳头逐渐增大形成瘤样病变。
肠道炎症波及：一些肠道的慢性炎症性疾病，如溃疡性结肠炎等，炎症可蔓延至肛管，进而影响肛乳头。肠道炎症导致局部的微环境改变，使得肛乳头组织在长期的炎性因子作用下，发生结构和形态的改变，最终发展为肛乳头瘤。
肛管损伤
手术等医源性损伤：在肛门直肠部位进行手术操作时，如内痔切除术、肛瘘切除术等，如果手术过程中对肛乳头造成了损伤，在修复过程中可能出现异常增生。例如，手术中对肛乳头周边组织的过度牵拉或处理不当，破坏了肛乳头原本的正常结构和修复机制，就容易引发肛乳头的增生形成瘤体。
粪便等机械性损伤：长期便秘患者，干结的粪便通过肛管时，容易擦伤肛乳头，反复的机械性损伤会刺激肛乳头纤维组织增生。此外，腹泻时频繁的排便动作也可能对肛乳头产生一定的摩擦刺激，长期下来也可能导致肛乳头瘤的发生。
胚胎发育异常
在胚胎发育时期，肛乳头的原始组织发育出现异常情况，也可能导致肛乳头瘤的发生。胚胎时期肛乳头的组织分化、增殖等过程受到某些因素干扰，使得肛乳头结构出现异常，出生后随着年龄增长逐渐表现为肛乳头瘤样改变。不过这种原因相对较为少见，但也是肛乳头瘤发生的一个潜在因素。
年龄与性别因素
年龄：一般来说，中青年人群相对更易患肛乳头瘤，这可能与这个年龄段人群的生活方式、肛门直肠部位的活动等因素有关。中青年往往工作压力较大，生活节奏快，可能更容易出现肛门局部的炎症、损伤等情况。而儿童相对较少发生肛乳头瘤，这与儿童的肛门直肠生理结构及活动特点等相关，儿童肛门直肠部位相对较为娇嫩，且活动和排便等情况与成人不同，但也不能完全排除特殊情况。
性别：目前并没有明确的研究表明肛乳头瘤的发生存在明显的性别差异，但在不同性别中可能因各自不同的生活习惯等因素影响发病风险。例如，男性可能由于工作等原因更容易出现久坐等情况，增加肛门局部的压力，从而影响肛乳头的状态；女性可能在特殊生理时期，如经期、孕期等，身体的激素水平等发生变化，也可能对肛门局部环境产生一定影响，不过目前关于性别与肛乳头瘤发生的具体关联还需更多研究来明确。
生活方式因素
久坐不动：长期久坐的人群，如办公室职员等，肛门直肠部位血液循环不畅，局部容易处于充血状态，增加了肛乳头受到炎症刺激等的风险。血液循环不好会使得肛乳头组织的营养供应和代谢废物排出受到影响，长期下来可能导致肛乳头的异常增生。
饮食不均衡：长期食用辛辣、油腻等刺激性食物，以及膳食纤维摄入不足的人群，容易出现便秘或腹泻等情况。便秘时干结粪便对肛乳头的损伤，腹泻时频繁排便对肛乳头的刺激，都可能引发肛乳头瘤。例如，长期大量食用辛辣食物会刺激肛管黏膜，导致局部炎症反应，进而影响肛乳头；而膳食纤维摄入少会使粪便体积变小、干结，增加排便时对肛乳头的机械损伤概率。
