先天性肛门直肠畸形有多种临床表现，新生儿期即出现排便异常，高位畸形患儿出生后数小时内无胎便排出且有呕吐；各年龄段均有腹胀表现，低位畸形会阴有异常，高位畸形会阴平坦肛区开口缺如；高位畸形新生儿期呕吐物早期为胃内容物后期含胆汁，年龄大患儿呕吐程度相对轻；还会因排便异常等影响营养摄入吸收导致生长发育迟缓，尤其高位畸形及早产儿更明显。
1.排便异常：
新生儿期表现：大多数先天性肛门直肠畸形患儿在新生儿期即可出现明显排便异常。低位畸形如肛门皮肤瘘、肛门狭窄等，可表现为出生后不久即有排便困难，粪便排出不畅，排便时哭闹等。高位畸形如直肠闭锁等，患儿出生后数小时内即可出现呕吐，呕吐物可为胃内容物、胆汁等，同时无胎便排出。这是因为高位畸形导致肠道连续性中断，胎便无法正常通过梗阻部位排出体外。
不同年龄阶段表现：随着年龄增长，患儿排便异常表现可能有所不同。较大儿童可能出现便秘，粪便干结，排便间隔时间延长，这与畸形导致的肠道功能紊乱、排便通道不畅有关；也可能出现腹泻与便秘交替的情况，是由于肠道结构异常影响了正常的消化和吸收功能以及排便反射。
2.腹胀：
新生儿期腹胀：先天性肛门直肠畸形患儿常伴有腹胀，尤其是高位畸形时更为明显。因为肠道内气体和粪便积聚，无法正常排出，导致腹部膨隆。新生儿期腹胀可进行性加重，如果不及时处理，可能会影响呼吸功能，导致呼吸困难等。
年龄较大患儿腹胀：年龄较大的患儿腹胀程度相对可能较轻，但仍可存在，当发生肠道感染或肠梗阻加重时，腹胀会再次明显加重。腹胀的程度与肠道梗阻的程度以及患儿的消化功能状态等因素相关。
3.会阴异常：
低位畸形会阴表现：低位肛门直肠畸形患儿会阴区可有异常表现，如肛门皮肤瘘患儿，可见肛门处有异常开口与皮肤相通，粪便可从该开口排出；肛门狭窄患儿会阴区外观可能相对正常，但肛门指诊可发现肛管狭窄。
高位畸形会阴表现：高位肛门直肠畸形患儿会阴区通常较为平坦，肛区正常肛门开口缺如，有时可见异常的窦道开口等。这是由于胚胎发育过程中肛门直肠结构发育异常，导致会阴区解剖结构与正常情况不同。
4.呕吐：
新生儿期呕吐原因：高位先天性肛门直肠畸形患儿常出现呕吐，呕吐物早期为胃内容物，随着病情进展可含有胆汁。这是因为肠道梗阻，近端肠道扩张，压力增加，导致胃内容物反流引起呕吐。如果呕吐物为胆汁，提示梗阻部位较高，已累及十二指肠水平部或以上。
不同年龄呕吐特点：年龄较大的患儿如果发生肠梗阻复发等情况，也可能出现呕吐，但相对新生儿期呕吐程度可能较轻，呕吐物成分也可能因肠道功能状态不同而有所差异。
5.生长发育迟缓：
营养摄入与吸收影响：由于先天性肛门直肠畸形导致患儿排便异常、腹胀、呕吐等，影响了营养物质的正常摄入和吸收。长期如此，会导致患儿体重不增、身高增长缓慢等生长发育迟缓的表现。尤其是高位畸形患儿，病情往往更为严重，生长发育迟缓的情况可能更为突出。
不同年龄段影响差异：新生儿期发病的患儿，生长发育迟缓可能在出生后不久就逐渐显现；而年龄稍大一些发病的患儿，可能在一段时间内营养摄入相对尚可，但随着病情发展，也会出现生长发育落后于同龄儿童的情况。对于特殊人群如早产儿合并先天性肛门直肠畸形的患儿，生长发育迟缓的风险可能更高，因为早产儿本身各器官功能发育尚未完善，再加上畸形导致的营养吸收障碍等问题，需要更加密切关注其生长发育指标。
