射精时尿道痛的原因包括感染因素、机械性因素和其他因素。感染因素有尿道炎（淋菌性和非淋菌性）、前列腺炎（急性细菌性、慢性细菌性、慢性非细菌性）；机械性因素有尿道结石、尿道狭窄；其他因素有性生活不节制、过敏因素。
一、感染因素
1.尿道炎
淋菌性尿道炎：由淋病奈瑟菌感染引起，多通过性接触传播。男性患者典型表现为尿道脓性分泌物，排尿时尿道灼热、刺痛，射精时也可能出现尿道痛。有不洁性接触史的人群更易罹患，淋病奈瑟菌感染后会侵袭尿道黏膜，导致炎症反应，引起尿道黏膜充血、水肿等改变，从而在射精时出现疼痛。
非淋菌性尿道炎：主要由沙眼衣原体、解脲脲原体等感染所致。起病相对较缓，尿道常有瘙痒感、烧灼感，可伴有少量稀薄分泌物，射精时尿道痛也是常见症状之一。性活跃的中青年人群是高发群体，这类病原体感染尿道后，会引发慢性炎症，持续刺激尿道组织，导致射精时疼痛。
2.前列腺炎
急性细菌性前列腺炎：多由细菌感染引起，致病菌可经尿道上行感染前列腺。患者会出现尿频、尿急、尿痛，还可伴有发热、寒战等全身症状，射精时由于前列腺充血、炎症刺激，会出现尿道痛。中老年男性也可能患病，但中青年男性相对更易因不良生活方式等诱发，比如长期久坐、酗酒等会增加前列腺充血的风险，易引发细菌感染导致前列腺炎，进而出现射精时尿道痛。
慢性细菌性前列腺炎：多由急性前列腺炎未彻底治愈迁延而来，也可由细菌逆行感染引起。患者有尿频、尿急、尿痛等排尿不适症状，以及会阴部、耻骨上区疼痛等，射精时炎症刺激前列腺及尿道，可出现尿道痛。中老年男性有一定患病几率，长期的炎症状态使得前列腺组织处于敏感状态，射精时前列腺收缩等动作会加重尿道的刺激，导致疼痛。
慢性非细菌性前列腺炎：病因尚不十分明确，可能与衣原体、支原体感染、排尿功能障碍、精神心理因素等有关。患者有骨盆区域疼痛，可伴有尿道刺激症状和性功能障碍，射精时尿道痛也是常见表现。各年龄段男性均可发病，生活不规律、长期憋尿等不良生活方式可能诱发该病，导致射精时尿道痛。
二、机械性因素
1.尿道结石
尿道内的结石会摩擦尿道黏膜，导致尿道黏膜损伤、炎症等。当射精时，尿道肌肉收缩等动作会使结石对尿道的刺激加重，从而引起尿道痛。多见于有尿道狭窄、尿路感染等病史的人群，长期尿液中某些成分沉积等可能形成尿道结石，不同年龄段均可发生，男性相对女性更易患尿道结石，因为男性尿道较长且有狭窄部位。
2.尿道狭窄
多由尿道损伤修复后、尿道感染等引起。尿道狭窄处会导致尿道管径变窄，射精时精液通过狭窄的尿道会受到阻碍，引起尿道内压力变化，刺激尿道组织，从而出现尿道痛。既往有尿道外伤史、尿道炎症病史的人群易发生尿道狭窄，各年龄段均可发病，狭窄程度不同症状轻重不一，严重的尿道狭窄会明显影响射精时的尿道状况，导致疼痛。
三、其他因素
1.性生活不节制
过度频繁的性生活或手淫等，会使尿道反复处于充血状态，长期如此易引发炎症，导致射精时尿道痛。中青年男性性活跃期若不注意性生活适度，就容易出现这种情况，频繁的性活动使得尿道及周围组织得不到充分休息，炎症反应持续存在，进而在射精时表现为尿道痛。
2.过敏因素
对安全套、润滑剂等性生活相关用品过敏时，接触后会引起尿道黏膜的过敏反应，出现尿道瘙痒、红肿等，射精时也会有尿道痛的表现。有过敏体质的人群在使用相关性生活用品时需特别注意，不同个体的过敏反应程度不同，过敏体质者接触过敏原后，免疫系统会对其产生过度反应，导致尿道黏膜的炎症性改变，引发射精时尿道痛。
