肾结石形成与代谢异常、局部因素、其他因素相关，代谢异常包括尿液中成石物质浓度过高及pH值异常；局部因素有尿路梗阻和感染；其他因素涉及生活方式、遗传、年龄性别及病史等，如饮水不足、饮食结构不合理、遗传疾病、20-50岁及男性易患、有泌尿系统其他疾病史易致结石。
一、代谢异常相关原因
1.尿液中成石物质浓度过高
钙代谢异常是常见因素，当尿钙排泄增加时，如一些患有原发性甲状旁腺功能亢进的患者，甲状旁腺激素分泌异常，会导致血钙升高，进而使尿钙排出增多。研究表明，正常人尿钙排泄量一般在一定范围内，而原发性甲状旁腺功能亢进患者尿钙可显著高于正常水平，尿液中钙浓度升高，就容易形成以钙盐为主的肾结石。
草酸代谢异常也会引发肾结石，体内草酸产生过多或肾脏排泄草酸减少都可导致尿草酸增高。例如，一些人长期大量食用富含草酸的食物，像菠菜、苋菜等，会使摄入的草酸增加，若肾脏不能及时将过多的草酸排出，尿草酸浓度升高，就为草酸钙结石的形成创造了条件。
尿酸代谢异常时，血尿酸升高会导致尿尿酸排出增多。多见于痛风患者，由于嘌呤代谢紊乱，血尿酸水平升高，经过肾脏滤过，尿酸在尿液中浓度过高，容易形成尿酸结石。
2.尿液pH值异常
尿液偏酸性时，容易形成尿酸结石和胱氨酸结石。例如，在一些酸性环境下，尿酸的溶解度降低，容易析出结晶，进而逐渐形成结石；胱氨酸结石也多见于酸性尿环境中，因为胱氨酸在酸性条件下溶解度较低，易沉淀形成结石。而尿液偏碱性时，容易形成磷酸镁铵结石和磷酸钙结石，比如尿路感染时，细菌分解尿素产生氨，使尿液pH升高呈碱性，尿中的磷酸根等与镁、钙结合，形成磷酸镁铵和磷酸钙结石。
二、局部因素相关原因
1.尿路梗阻
尿路梗阻会导致尿液排出不畅，使尿液在肾脏内潴留。例如，肾盂输尿管连接处狭窄的患者，尿液从肾盂流向输尿管的通道受阻，尿液积聚，一方面会使尿液中一些成石物质浓度升高，另一方面，长期的尿液潴留容易滋生细菌，炎症刺激也会促进结石形成。梗阻还会使肾脏组织受压，影响肾脏的正常代谢和排泄功能，进一步加重结石形成的风险。
2.感染
尿路感染时，细菌、脓块等会作为结石形成的核心，促使尿液中的矿物质围绕其沉积形成结石。例如，变形杆菌等细菌可分解尿素产生氨，使尿液pH升高，有利于磷酸镁铵等结石成分的形成。而且感染引起的炎症反应会改变尿液的理化性质，为结石的形成提供了适宜的环境。同时，感染还会影响肾脏的正常功能，干扰尿液的正常代谢过程。
三、其他因素相关原因
1.生活方式因素
饮水不足是一个重要的生活方式因素。如果长期饮水过少，会导致尿液浓缩，尿液中各种成石物质的浓度相对升高，容易析出结晶形成结石。例如，在炎热的环境下工作或运动量大的人，如果没有及时补充水分，尿液浓缩程度会更明显，增加了肾结石的发生风险。
饮食结构不合理也与肾结石形成有关。除了前面提到的摄入过多富含草酸、钙的食物外，高动物蛋白、高糖饮食等也可能增加肾结石的发病几率。高动物蛋白饮食会使尿中钙和尿酸的排泄增加，降低尿枸橼酸盐含量，从而促进结石形成；高糖饮食会促进肠道吸收钙，使尿钙排出增多，也有利于结石形成。
2.遗传因素
某些遗传性疾病会增加肾结石的发病风险。例如，胱氨酸尿症是一种常染色体隐性遗传性疾病，由于肾小管对胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸的重吸收障碍，导致尿中这些氨基酸浓度升高，其中胱氨酸易在尿液中形成结石。家族中有此类遗传病史的人群，相对其他人更容易患上肾结石。
3.年龄和性别因素
年龄方面，肾结石在20-50岁的人群中较为常见。这是因为这个年龄段的人群新陈代谢较为活跃，各种代谢相关因素容易出现异常，而且活动量相对较大，若饮水等生活方式不注意，就容易引发肾结石。
性别方面，男性患肾结石的几率通常高于女性。这可能与男性的一些生理特点和生活方式有关，比如男性一般活动量相对较大，出汗较多，若饮水不足更容易导致尿液浓缩；而且男性的尿酸代谢等方面可能存在一定的性别差异，使得男性更易出现尿酸相关的结石形成因素。
4.病史因素
有泌尿系统其他疾病病史的人群，患肾结石的风险增加。例如，有过泌尿系统感染病史的患者，由于感染引起的局部环境改变等因素，容易再次形成结石；有过尿路手术史的患者，尿路结构可能发生改变，导致尿液排出不畅，增加了结石形成的可能性。
