肾结石的病因包括代谢异常相关、局部因素相关及其他相关因素。代谢异常有尿液中成石物质浓度升高（如钙、草酸、尿酸代谢异常）和尿液酸碱度异常；局部因素有尿路感染（细菌等可作核心促晶体附着，细菌产尿素酶升pH助结石成分沉积）和尿路梗阻（致尿液潴留促晶体溶质沉积且易引发感染）；其他因素包括年龄与性别（年龄增长发病率升高，男性患病概率高于女性）、生活方式（饮水不足致尿液浓缩易结石，高动物蛋白、糖、盐及富含草酸饮食增发病风险）、病史因素（有泌尿系统疾病史者易患肾结石）。
一、代谢异常相关病因
（一）尿液中成石物质浓度升高
1.钙代谢异常：高钙尿症是常见的引起肾结石的代谢因素，正常人尿钙排泄量为200-300mg/24h，当尿钙排泄量超过300mg/24h时称为高钙尿症。高钙尿症可分为吸收型、肾性、骨吸收型等类型。吸收型高钙尿症是由于肠道吸收钙增多，导致尿钙排出增加；肾性高钙尿症是肾脏对钙的重吸收功能障碍，使得尿钙排泄增多；骨吸收型高钙尿症常见于一些内分泌疾病等情况，如原发性甲状旁腺功能亢进症患者，甲状旁腺素分泌过多，可促进骨钙释放，导致血钙升高，进而使尿钙排出增加，长期高钙尿可引发肾结石。
2.草酸代谢异常：高草酸尿也是肾结石形成的重要原因，正常饮食中草酸的摄入量约为15-60mg/d，尿草酸排泄量为15-60mg/24h。肠道疾病（如肠切除术后、短肠综合征等）可导致草酸吸收增加，或者原发性高草酸尿症患者体内草酸代谢相关酶缺乏，使得草酸生成过多，尿草酸排泄增多，过多的草酸与钙结合形成草酸钙结石。
3.尿酸代谢异常：尿酸结石在肾结石中也较为常见，正常血尿酸浓度男性为208-428μmol/L，女性为155-357μmol/L，正常尿尿酸排泄量男性为13-42mmol/24h，女性为7-35mmol/24h。当尿酸排泄增多（如骨髓增殖性疾病、肿瘤化疗等情况可导致尿酸生成过多）或尿液pH值降低时，尿酸易在尿液中形成结晶，进而形成尿酸结石。
（二）尿液酸碱度异常
正常尿液pH值一般在5.0-7.0之间，呈弱酸性到弱碱性。当尿液pH值异常时容易形成结石。例如，尿酸结石多发生在酸性尿中，感染性结石（主要成分是磷酸镁铵和磷酸钙）多发生在碱性尿中，因为在碱性环境下尿素酶分解尿素产生氨，使尿液pH升高，促进磷酸镁铵和磷酸钙的沉积。
二、局部因素相关病因
（一）尿路感染
尿路感染时，细菌、脓块、坏死组织等可作为核心，促使晶体附着形成结石。同时，细菌产生的尿素酶可分解尿液中的尿素，使尿液pH升高，有利于磷酸镁铵、磷酸钙等结石成分的沉积。例如变形杆菌、葡萄球菌等感染时，容易引发感染性肾结石。
（二）尿路梗阻
尿路梗阻可导致尿液潴留，使尿液中的晶体和溶质容易在局部沉积，进而形成结石。常见的引起尿路梗阻的原因有先天性肾盂输尿管连接部狭窄、尿路结石、前列腺增生、尿道狭窄等。尿液潴留还会降低局部黏膜的抵抗力，容易发生感染，进一步促进结石的形成。
三、其他相关因素
（一）年龄与性别
1.年龄：肾结石可发生于各个年龄段，儿童时期肾结石相对较少见，但也有发生。随着年龄增长，肾结石的发病率逐渐升高，中年时期达到高峰。老年人由于可能存在代谢功能减退、尿路梗阻等多种因素，更容易患肾结石。
2.性别：一般来说，男性患肾结石的概率高于女性，这可能与男性的代谢特点、生活方式等因素有关。男性通常摄入的蛋白质、钠等较多，尿酸等代谢产物相对较高，增加了肾结石形成的风险。
（二）生活方式
1.饮水不足：长期饮水不足会导致尿液浓缩，尿液中晶体物质的浓度升高，容易析出形成结石。例如，在高温环境下工作或运动量较大时，如果没有及时补充水分，就容易引发肾结石。
2.饮食因素：高动物蛋白、高糖、高盐饮食都可能增加肾结石的发病风险。高动物蛋白饮食会使尿钙、尿酸排泄增加；高糖饮食可促进肠道吸收钙和草酸，增加尿钙排泄；高盐饮食会使尿钙排泄增多。此外，摄入过多富含草酸的食物（如菠菜、苋菜、巧克力等）也会增加草酸结石形成的风险。
（三）病史因素
有其他泌尿系统疾病病史的人群更容易患肾结石，例如有过泌尿系统感染、尿路梗阻、甲状旁腺功能亢进等疾病的患者。甲状旁腺功能亢进患者由于钙代谢异常，长期高钙尿容易引发肾结石；有过尿路梗阻的患者，尿液潴留容易导致结石形成。
