肝囊肿的成因多样，主要包括先天性因素、遗传因素、创伤因素、寄生虫感染、炎症刺激等。
1.先天性因素
在胚胎发育过程中，肝内胆管、淋巴管发育异常，致使液体潴留形成囊肿，这类囊肿多为单发或多发，生长缓慢，多数患者无明显症状，常在体检时偶然发现。
2.遗传因素
某些遗传性疾病可导致肝囊肿，如多囊肝，属于常染色体显性遗传病，遗传基因的缺陷使肝脏内广泛形成大小不等的囊肿，随着年龄增长，囊肿数量和大小会逐渐增加，可能影响肝脏功能。
3.创伤因素
肝脏受到外部暴力撞击、穿刺活检、手术等创伤后，在组织修复过程中，可能因局部渗出、血肿机化等，形成潴留性囊肿。
4.寄生虫感染
如细粒棘球绦虫的幼虫侵入肝脏后，形成肝包虫囊肿，患者可能伴有食欲减退、上腹部不适等症状，且病程中常有某种过敏反应。
5.炎症刺激
肝脏遭受细菌、病毒等病原体感染后，炎症持续刺激局部组织，可引起组织液渗出、包裹，进而形成囊肿。
