乔氏甲状腺炎确切病因未完全明确，主要与遗传因素、自身免疫因素、其他因素有关，有遗传易感性，免疫系统异常激活及环境因素诱发自身免疫反应，碘摄入、性别也可能有影响
遗传因素
有研究表明，桥本甲状腺炎具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有桥本甲状腺炎，那么其他家庭成员患该病的风险会相对增加。例如，在一些家族聚集性的病例中，多个直系亲属可能先后被诊断为桥本甲状腺炎，这提示遗传基因在发病中起到了重要作用。从基因层面来看，某些特定的基因变异可能影响机体的免疫调节机制，使得机体更容易发生针对甲状腺组织的自身免疫反应。
自身免疫因素
免疫系统异常激活：正常情况下，免疫系统能够识别自身的组织并加以保护。但在桥本甲状腺炎患者体内，免疫系统出现异常，错误地将甲状腺组织当作外来的“敌人”进行攻击。具体来说，机体的淋巴细胞等免疫细胞会产生针对甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等自身抗体。这些自身抗体的存在会导致甲状腺组织受到慢性炎症的损伤。例如，TPOAb可以与甲状腺过氧化物酶结合，干扰甲状腺激素的合成过程；TgAb则可能影响甲状腺球蛋白的正常功能，进而影响甲状腺的正常结构和功能。
环境因素诱发自身免疫反应：一些环境因素可能会触发具有遗传易感性个体的自身免疫反应，从而导致桥本甲状腺炎的发生。比如，长期处于精神压力较大的状态下，可能会影响机体的内分泌和免疫系统平衡，使得免疫系统更容易出现紊乱，增加自身免疫性疾病的发病风险。另外，某些病毒感染也可能与桥本甲状腺炎的发病相关，例如某些肠道病毒感染后，可能会改变甲状腺细胞的抗原性，从而引发自身免疫反应攻击甲状腺组织。
其他因素
碘摄入因素：碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入的多少与桥本甲状腺炎的发病可能存在一定关联。一般来说，碘摄入过量或不足都可能对甲状腺的功能和结构产生影响。在碘缺乏地区，由于机体合成甲状腺激素的原料不足，可能会通过反馈机制导致垂体分泌促甲状腺激素（TSH）增加，长期的TSH刺激可能会引起甲状腺组织的增生和免疫反应的激活，从而增加桥本甲状腺炎的发病风险；而在碘摄入过量的地区，也有研究发现可能会促进自身免疫性甲状腺炎的发生发展。不过，碘摄入与桥本甲状腺炎发病的具体关系还需要进一步深入研究来明确。
性别因素：女性患桥本甲状腺炎的几率明显高于男性。这可能与女性的内分泌特点有关，例如女性在青春期、妊娠期、哺乳期等特殊生理时期，体内的激素水平会发生较大变化，这些变化可能会影响免疫系统的功能，使得女性更容易发生自身免疫性甲状腺疾病。例如，妊娠期女性体内的激素环境改变，可能会激活自身免疫反应，导致原本有遗传易感性的女性更容易患上桥本甲状腺炎。
