双肾囊肿症状表现因多种因素而异，较小囊肿可无症状仅体检发现；囊肿增大可致腰部不适或疼痛；部分患者有血尿；可引起高血压；极大囊肿可致腹部肿块；病情进展压迫肾组织会出现肾功能损害相关表现如乏力、食欲减退等
无症状情况：很多较小的双肾囊肿可能不会引起明显的症状，患者通常是在体检（如腹部超声、CT等影像学检查）时偶然发现。这是因为较小的囊肿对肾脏的结构和功能影响较小，没有刺激到周围组织或影响肾脏的正常代谢等，所以患者自身感觉不到明显不适。对于这种情况，一般需要定期进行影像学复查，观察囊肿的变化情况。比如一些单纯性的较小双肾囊肿，在相当长的一段时间内可能都不会有症状显现。
腰部不适或疼痛：当囊肿增大到一定程度时，可能会牵拉肾脏的包膜，或者压迫周围组织，从而引起腰部的不适或疼痛。这种疼痛通常为隐痛、胀痛或钝痛等。例如，囊肿较大时（一般直径超过5厘米左右可能更易出现这种情况），肾脏体积会有所增大，对肾包膜产生牵拉，患者会感觉腰部有坠胀感或酸痛感。不同年龄、性别、生活方式的人群表现可能略有差异，比如长期从事重体力劳动的人，腰部本身可能就容易有劳损，若同时伴有双肾囊肿，可能会使腰部疼痛的症状相对更明显一些；而女性在生理期等特殊时期，可能会对腰部不适的感受更敏感。
血尿：部分双肾囊肿患者可能会出现血尿症状。这是因为囊肿增大后，可能会导致肾脏血管受到牵扯或压迫，使血管破裂出血，血液进入尿液中就会引起血尿。血尿的表现可以是镜下血尿（需要通过显微镜检查尿液才能发现红细胞），也可以是肉眼血尿（尿液外观呈红色）。一般来说，少量的镜下血尿可能没有明显的其他伴随症状，但如果是肉眼血尿，患者可能会发现尿液颜色异常。对于有血尿症状的双肾囊肿患者，尤其是出现肉眼血尿时，需要及时就医进一步检查，明确血尿的原因以及囊肿的情况等。
高血压：双肾囊肿可能会引起高血压，这被称为肾性高血压。其发生机制主要是囊肿压迫肾脏，导致肾脏缺血，激活肾素-血管紧张素-醛固酮系统，使血压升高。不同年龄的患者血压升高的表现可能有所不同，比如儿童患者若出现双肾囊肿导致的高血压，可能会表现出头痛、头晕等症状，而成年人可能会有类似原发性高血压的一些表现，如头痛、心悸等。而且不同生活方式的患者，血压控制情况也可能不同，例如长期高盐饮食的患者，可能会使高血压的控制更加困难。
腹部肿块：当双肾囊肿非常大时，在腹部可能会触摸到肿块。一般体型较瘦的人相对更容易触摸到腹部肿块。通过腹部触诊可以发现腹部有质地较软的肿块，表面光滑等特点，但这需要专业医生进行检查判断，不能自行盲目触诊，以免造成不必要的损伤。
肾功能损害相关表现：如果双肾囊肿病情逐渐进展，囊肿广泛压迫肾脏组织，可能会影响肾脏的正常功能，出现肾功能损害相关表现。早期可能没有明显特异性症状，随着病情进展，可能会出现乏力、食欲减退、恶心呕吐等症状。不同病史的患者，比如有基础肾脏疾病或其他全身性疾病的患者，出现肾功能损害的表现可能会更早或更明显。例如本身有糖尿病病史的患者，若同时合并双肾囊肿，在肾功能受损时，可能会更快出现一些代谢紊乱相关的症状加重等情况。
