慢性肠炎用药需综合病因病情在医生指导下进行，细菌感染相关可选用诺氟沙星等喹诺酮类或青霉素类药物（注意禁忌）；止泻可选用蒙脱石散；调节肠道菌群可选用益生菌类；缓解腹痛可选用山莨菪碱（注意禁忌），同时患者需注意生活方式及特殊人群用药谨慎。
一、抗感染药物
（一）细菌感染相关
若慢性肠炎是由细菌感染引起，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类药物，但此药18岁以下禁用，因为可能影响软骨发育。对于一些革兰氏阳性菌感染相关的慢性肠炎，还可能会用到青霉素类药物，不过需注意有无青霉素过敏史等情况。
二、止泻药物
（一）肠黏膜保护剂
蒙脱石散较为常用，它可以吸附肠道内的病原体和毒素，对各种原因引起的腹泻都有一定作用，安全性较好，老人、儿童等特殊人群均可使用，但需注意服用时要按照合适的方法，一般需用适量水冲服。
三、调节肠道菌群药物
（一）益生菌类
如双歧杆菌四联活菌片等，可调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于因肠道菌群失调引起的慢性肠炎有一定益处。不同年龄人群均可使用，儿童可选择儿童专用的益生菌制剂，服用时注意温度不宜过高，以免影响活菌活性。
四、缓解腹痛药物
（一）抗胆碱能药物
如山莨菪碱，可缓解肠道痉挛引起的腹痛，但青光眼患者禁用，前列腺增生患者慎用，因为可能会加重相关症状。
需要注意的是，慢性肠炎的用药需根据具体病因、病情等综合判断，应在医生的指导下进行，同时，除了药物治疗外，患者的生活方式也很重要，如规律作息、避免过度劳累、保持心情舒畅，饮食上要避免食用辛辣、油腻、刺激性食物等，对于特殊人群如孕妇、肝肾功能不全者等用药需更加谨慎，必须在医生评估后使用。
