拉肚子时肚子痛的原因主要有三方面：一是肠道受刺激引发神经传导导致肚子痛，如病原体感染等致肠道黏膜受损、蠕动加快，炎症介质刺激肠道神经传导至大脑引发腹痛；二是肠道痉挛引起肚子痛，拉肚子常伴肠道痉挛，感染性腹泻时病原体毒素干扰肠道平滑肌节律致痉挛性疼痛，不同年龄人群表现有别；三是肠道内容物快速通过刺激肠壁导致肚子痛，拉肚子时内容物通过速度加快刺激肠壁神经引发腹痛，长期饮食不规律及有肠道基础病史人群更易受影响。
一、肠道受刺激引发神经传导导致肚子痛
拉肚子时，肠道会受到刺激，例如病原体感染、饮食不洁等因素导致肠道黏膜受损、蠕动加快等。肠道内的神经末梢会感知到这种异常刺激，然后通过神经传导将信号传递到中枢神经系统，从而引发肚子痛的感觉。例如，当肠道发生炎症时，炎症介质会刺激肠道神经，使得神经冲动传导至大脑，让人体感受到腹痛。
二、肠道痉挛引起肚子痛
拉肚子往往会伴随肠道痉挛现象。肠道痉挛是由于肠道平滑肌强烈收缩引起的。当肠道蠕动紊乱时，平滑肌不规律地收缩，就会导致肚子痛。比如，感染性腹泻时，病原体产生的毒素可能会干扰肠道平滑肌的正常节律，引发痉挛性疼痛。不同年龄阶段人群表现有所不同，儿童肠道功能相对较弱，发生肠道痉挛时肚子痛可能更为明显且频繁，需要特别关注其腹部保暖等情况；老年人肠道功能衰退，拉肚子引起肠道痉挛时，要注意避免因疼痛导致的其他并发症。
三、肠道内容物快速通过刺激肠壁导致肚子痛
拉肚子时，肠道内的内容物通过速度加快，快速通过的内容物会对肠壁产生较强的刺激。正常情况下，肠道内容物缓慢通过，肠壁能较好地适应，但当拉肚子时这种速度改变，就会刺激肠壁神经，进而引发肚子痛。生活方式方面，长期饮食不规律的人群，本身肠道功能易受影响，拉肚子时更易因肠道内容物快速通过而加重肚子痛的程度；有肠道基础病史的人群，如肠易激综合征患者，拉肚子时肠道内容物通过速度的变化更容易诱发肚子痛，需要更加注重日常肠道养护。
