先天性巨结肠的临床表现包括排便困难（新生儿胎便排出延迟，随年龄增长出现顽固性便秘等）、腹胀（新生儿期即出现且进行性加重）、呕吐（婴儿期多见，轻者少量胃内容物，重者吐胆汁或粪样物）、生长发育迟缓（长期排便不畅致营养吸收障碍，体重不增、身高增长缓慢等）以及部分患儿伴有小肠结肠炎（高热、频繁呕吐、严重腹胀、腹泻等，可致脱水等严重后果）
排便困难：新生儿期多表现为胎便排出延迟，正常足月儿出生后24小时内应该排出胎便，而先天性巨结肠患儿往往超过48小时仍未排出胎便，或者排出量较少。随着年龄增长，患儿会出现顽固性便秘，需要借助开塞露、灌肠等方法才能排便，这是因为病变肠段神经节细胞缺如，导致肠管痉挛，粪便通过障碍。年龄较小的患儿可能表现为腹胀逐渐加重，影响进食和睡眠；大龄儿童则可能有排便次数减少，排便间隔时间延长等情况，且排便时可能伴有费力、哭闹等表现。
腹胀：是较为突出的表现之一。新生儿期即可出现腹胀，且进行性加重，腹部膨隆如鼓，外观可见肠型，这是由于粪便在近端结肠堆积，导致肠管扩张。腹胀程度可因病情轻重而异，严重时可影响呼吸，导致呼吸困难。对于不同年龄的患儿，腹胀的表现有所不同，婴儿期腹胀可能使腹部看起来比胸部还大，影响患儿的体态和活动；幼儿及儿童期腹胀可能导致腹部不适，影响日常活动和饮食。
呕吐：多发生在婴儿期，轻者为少量胃内容物，重者可呕吐胆汁或粪样物。呕吐的原因是由于远端肠道梗阻，近端肠管扩张、积气，压力增高，将内容物逆蠕动向上排出。如果是新生儿期出现频繁呕吐，需要警惕肠梗阻的可能，要及时进行评估和处理。对于年龄稍大的儿童，呕吐可能是在腹胀明显的基础上出现，呕吐物性状与肠道梗阻的部位和程度相关。
生长发育迟缓：由于长期排便不畅，营养物质吸收障碍，患儿会出现生长发育落后于同龄儿的情况。表现为体重不增、身高增长缓慢等。例如，在婴幼儿期，体重可能低于同年龄、同性别儿童的正常标准，身高也可能落后于正常曲线。这是因为肠道功能异常，影响了对食物中营养成分的摄取和消化吸收，长期如此导致机体营养不足，进而影响生长发育。不同年龄段的患儿生长发育迟缓的表现程度不同，婴儿期可能表现为喂养困难，体重增加缓慢；儿童期可能出现身材矮小、瘦弱等情况。
其他表现：部分患儿可能伴有小肠结肠炎，这是先天性巨结肠最常见的严重并发症。主要表现为高热、频繁呕吐、严重腹胀、腹泻等，若不及时治疗，可导致脱水、电解质紊乱、休克等严重后果。小肠结肠炎的发生与肠管扩张、粪便淤积导致细菌繁殖有关，尤其在新生儿和小婴儿中更容易发生，需要密切观察患儿的病情变化，一旦出现相关症状要及时就医处理。对于有小肠结肠炎的患儿，要特别注意维持水电解质平衡，预防感染加重等情况。
