肠炎的治疗药物包括抗感染药物、微生态调节剂和肠黏膜保护剂。抗感染药物中细菌感染相关的氟喹诺酮类18岁以下慎用，头孢菌素类儿童需按儿科标准调整方案；病毒感染无特效抗病毒药，主要对症支持；微生态调节剂如双歧杆菌制剂、枯草杆菌二联活菌颗粒可调节菌群改善肠炎；肠黏膜保护剂蒙脱石散适用于各年龄肠炎患者，儿童需注意溶药方法。
一、抗感染药物
（一）细菌感染相关
1.氟喹诺酮类：如诺氟沙星，对肠道常见的大肠埃希菌等细菌有抗菌作用，可用于敏感菌引起的肠炎，但18岁以下人群由于可能影响软骨发育一般不建议使用，因为有科学研究显示该类药物会对幼年动物的软骨发育产生不良影响。
2.头孢菌素类：二代头孢如头孢呋辛，对革兰氏阳性菌和阴性菌有一定抗菌活性，可用于肠道细菌感染导致的肠炎，不同年龄患者需根据体重等情况调整合适的给药方案，儿童使用时要严格按照儿科用药标准，因为儿童的肝肾功能发育不完全，药物代谢和排泄与成人不同。
（二）病毒感染相关
目前尚无特效的抗病毒药物治疗病毒性肠炎，主要是对症支持治疗，但如轮状病毒肠炎，一般是自限性疾病，可通过补充水分和电解质等方式处理，若有明确的病毒感染且有针对性抗病毒药物（如特定的抗肠道病毒药物），需根据患者具体情况，尤其要考虑年龄因素，儿童使用时更要谨慎评估获益风险比。
二、微生态调节剂
1.双歧杆菌制剂：如双歧杆菌四联活菌片，可调节肠道菌群，恢复肠道正常菌群的生态平衡，抑制病原菌的定植和侵袭。对于不同年龄人群均可使用，儿童使用时要注意药物剂型是否适合儿童服用，比如是否有合适的儿童专用剂型，因为儿童的吞咽能力等与成人不同，通过补充双歧杆菌可以改善肠炎引起的肠道菌群失调情况，有研究表明其能有效缓解肠炎导致的腹泻等症状，且对不同年龄的肠道微生态调节都有一定作用，但需根据年龄选择合适的服用方式。
2.枯草杆菌二联活菌颗粒：同样能调节肠道菌群，适用于各年龄阶段肠炎患者出现肠道菌群紊乱的情况，对于儿童来说，其剂型设计更便于儿童服用，通过补充有益菌，有助于维持肠道正常的消化吸收功能，减轻肠炎带来的肠道功能紊乱相关症状，在不同年龄人群中均可应用，只是要注意不同年龄的剂量等可能有细微差别，但总体是通过调节菌群来改善肠炎状况。
三、肠黏膜保护剂
1.蒙脱石散：口服后可覆盖在肠黏膜表面，吸附病原体和毒素，起到保护肠黏膜的作用。适用于各年龄肠炎患者，儿童服用时可将药物溶于适量温水中服用，因为儿童的肠道黏膜相对娇嫩，蒙脱石散能在其肠黏膜表面形成保护屏障，减少炎症刺激等对肠黏膜的损伤，从而缓解肠炎引起的腹泻等症状，有大量临床研究证实其对多种原因引起的肠炎导致的腹泻等症状有改善作用，不同年龄人群均可使用，但要注意服用时的溶药方法等以保证药效。
