功能性消化不良患者存在胃肠动力异常、内脏高敏感性、肠道菌群失调、脑-肠轴功能紊乱等问题，胃肠动力异常致胃排空延迟及肠道症状，老年患者更明显；内脏高敏感性使患者感知过强及引发肠道症状，不良生活方式等会加重；肠道菌群失调时有益菌减少致肠道症状，不同年龄患者影响不同，不良生活方式等易致菌群失调加重症状；脑-肠轴功能紊乱受大脑因素等影响致肠道症状，不同年龄、性别患者表现及受生活方式、病史影响不同
一、胃肠动力异常
功能性消化不良患者常存在胃肠动力异常，如胃排空延迟。研究表明，约40%-60%的功能性消化不良患者有胃排空减慢的情况。胃排空延迟会使食物在胃内停留时间延长，引起上腹部饱胀、早饱等症状，同时也会影响肠道的正常蠕动和消化吸收功能，导致肠道症状的出现。例如，胃内食物排空不畅，会影响十二指肠-空肠的正常运动协调，进而干扰肠道的消化和转运过程，使得肠道的消化吸收功能紊乱，出现腹胀、腹痛、排便异常等肠道症状。不同年龄的功能性消化不良患者，胃肠动力异常的表现可能有所不同，一般来说，老年患者胃肠动力减退更为明显，更容易出现胃排空延迟及肠道症状。
二、内脏高敏感性
功能性消化不良患者存在内脏高敏感性。其内脏感觉神经对刺激的敏感性增高，即使是正常量的胃内容物，也会让患者产生过强的感知，导致上腹部不适等症状。同时，这种高敏感性也会影响到肠道。肠道的感觉神经受到影响后，对正常的肠道内环境变化（如气体、液体的充盈等）过于敏感，从而引发肠道的疼痛、腹胀、腹泻或便秘等症状。性别方面，目前虽无明确证据表明性别差异会显著影响内脏高敏感性导致的肠道症状差异，但不同性别患者可能在对症状的主诉和应对方式上存在一定不同。生活方式方面，长期精神紧张、焦虑等不良生活方式会加重内脏高敏感性，进而加重肠道症状；有相关病史的患者，如曾有胃肠道感染史等，可能本身就存在内脏敏感性基础，更容易出现肠道症状。
三、肠道菌群失调
功能性消化不良患者常伴有肠道菌群失调。正常的肠道菌群对维持肠道的正常功能至关重要，如帮助消化、合成维生素、调节免疫等。当肠道菌群失调时，有益菌数量减少，有害菌相对增多。例如，双歧杆菌等有益菌减少，会影响食物的消化分解，导致未被充分消化的食物进入肠道，加重肠道负担，引起肠道的发酵和产气增加，出现腹胀、腹泻等肠道症状。不同年龄的患者肠道菌群组成不同，婴儿肠道菌群尚在发育中，功能性消化不良时肠道菌群失调对肠道功能的影响可能更显著；老年患者肠道菌群本身趋于老化，菌群失调后肠道功能紊乱更易发生。生活方式中，长期使用抗生素、不合理饮食等会破坏肠道菌群平衡，增加功能性消化不良患者肠道菌群失调的风险，进而加重肠道症状；有胃肠道疾病病史的患者，肠道菌群失调的概率更高，肠道症状也更易出现。
四、脑-肠轴功能紊乱
脑-肠轴是一个双向调节系统，大脑通过神经、内分泌等途径调节肠道功能，反之肠道也会影响大脑的功能。功能性消化不良患者存在脑-肠轴功能紊乱。大脑的情绪、认知等因素会影响肠道的运动、分泌等功能。例如，长期的精神压力导致大脑皮层功能失调，影响对肠道的调控，使得肠道运动异常、分泌紊乱，出现肠道症状。年龄较大的患者可能因脑功能的一些生理性变化，在脑-肠轴功能紊乱时更易表现出肠道症状；女性患者在hormonal变化等因素影响下，脑-肠轴功能紊乱可能更易引发肠道症状；生活方式中长期处于高压力状态的患者，脑-肠轴功能紊乱更明显，肠道症状也更突出；有精神心理疾病病史的功能性消化不良患者，脑-肠轴功能紊乱更为严重，肠道症状也更为复杂。
