桥本氏甲状腺炎发病与遗传、自身免疫、环境因素相关，遗传具易感性，家族有病史风险增，女性更易；自身免疫紊乱是关键，产生自身抗体破坏滤泡，压力大、生活方式不健康及有其他自身免疫病病史易引发；环境中化学物质、病毒感染等起作用，儿童、特殊生理时期女性及生活方式不健康者易受环境因素影响患病。
自身免疫因素
机体的自身免疫功能紊乱是引发桥本氏甲状腺炎的关键因素。正常情况下，免疫系统能够识别和清除外来的病原体等异物，但在自身免疫紊乱时，机体的免疫系统会错误地将甲状腺组织当作外来的“异物”进行攻击。具体来说，体内会产生针对甲状腺组织的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）、甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等。这些抗体的存在会导致甲状腺滤泡细胞遭到破坏，进而影响甲状腺的正常功能。自身免疫因素的发生可能与多种因素有关，比如长期的精神压力过大可能会影响免疫系统的平衡，从而促使自身免疫反应的发生，增加患桥本氏甲状腺炎的风险。对于不同生活方式的人群，长期处于高压力、不健康生活方式（如缺乏运动、作息不规律等）的人，自身免疫功能更容易出现紊乱，进而更易引发桥本氏甲状腺炎。在病史方面，如果有其他自身免疫性疾病的病史，如类风湿关节炎等，那么患桥本氏甲状腺炎的概率也会相应增加。
环境因素
环境因素也在桥本氏甲状腺炎的发病中起到一定作用。例如，长期暴露于某些化学物质环境中，像一些含有重金属的污染物等，可能会对甲状腺组织产生不良影响，干扰甲状腺的正常生理功能，增加自身免疫反应发生的可能性。另外，病毒感染等也可能是环境因素中的一个方面，某些病毒感染后可能会触发机体的自身免疫反应，进而波及甲状腺组织引发桥本氏甲状腺炎。不同年龄的人群对环境因素的易感性有所不同，儿童的免疫系统相对较弱，可能更容易受到环境中一些不良因素的影响而诱发桥本氏甲状腺炎。女性在特殊生理时期，如孕期、哺乳期等，由于身体内分泌等发生变化，对环境因素的敏感性可能会提高，更易因环境因素而引发桥本氏甲状腺炎。生活方式不健康的人群，如吸烟、大量饮酒等，也会因为环境因素相关的不良生活习惯影响身体状况，增加患桥本氏甲状腺炎的风险。
