胃食管反流病的发生与下食管括约肌结构与功能异常、食管清除作用降低、胃排空延迟、食管黏膜屏障功能降低等因素有关，如LES压力降低、食管蠕动或唾液分泌异常、胃内压力升高等可致反流，长期服药、胃酸过多等可使食管黏膜屏障功能下降。
一、下食管括约肌结构与功能异常
下食管括约肌（LES）是食管末端约3-4cm长的环形肌束，正常情况下，其收缩可防止胃内容物反流至食管。当LES压力降低时，如某些激素（如缩胆囊素、胰高血糖素等）影响，或存在食管裂孔疝时，LES被拉长，导致其压力下降，就容易发生胃食管反流。例如，食管裂孔疝患者中约有60%-70%合并胃食管反流病，就是因为食管裂孔疝使LES结构受损，功能异常。不同年龄人群中，婴幼儿由于LES发育尚未完善，LES压力较低，相对更容易出现胃食管反流；而老年人可能因LES退行性变等原因，也易发生。
二、食管清除作用降低
正常情况下，食管通过蠕动、唾液的清除作用来清除反流至食管的胃内容物。当食管蠕动减弱或唾液分泌减少时，食管清除反流物的能力下降，使得反流物在食管内停留时间延长，对食管黏膜的刺激增加，从而引发胃食管反流病。比如，一些神经系统疾病患者可能存在食管蠕动功能障碍；老年人唾液分泌功能减退，也会影响食管的清除作用。性别方面，一般无明显性别差异导致食管清除作用降低，但不同生活方式下，长期吸烟、饮酒的人群可能因对食管黏膜的刺激等因素间接影响食管清除功能。
三、胃排空延迟
胃排空延迟会使胃内压力升高，当胃内压力高于LES压力时，就容易导致胃内容物反流至食管。常见于糖尿病患者，糖尿病引起的自主神经病变可影响胃的蠕动和排空功能；另外，一些胃肠动力药物使用不当或本身存在胃肠动力紊乱的人群也可能出现胃排空延迟。在年龄因素上，老年人胃肠功能本身逐渐减退，胃排空相对较慢，更易发生胃排空延迟进而引发胃食管反流病；生活方式中，进食过多、进食高脂肪食物等也会加重胃排空延迟，增加胃食管反流的风险。
四、食管黏膜屏障功能降低
食管黏膜屏障由上皮前、上皮、上皮后三层组成，正常情况下可抵御反流物的损伤。当某些因素导致食管黏膜屏障功能降低时，如长期服用非甾体类抗炎药，这类药物可直接损伤食管黏膜，削弱黏膜屏障；胃酸分泌过多时，过多的胃酸会破坏食管黏膜屏障。不同病史人群中，有食管黏膜损伤病史的人相对更易出现食管黏膜屏障功能降低，进而引发胃食管反流病相关症状。
