甲状腺囊肿成因多样，包括碘代谢异常（碘摄入不足或过量）、先天性因素（甲状腺发育异常）、炎症因素（甲状腺炎）、其他因素（内分泌紊乱、遗传因素），碘代谢异常时碘摄入不足或过量会影响甲状腺激素合成致组织增生，先天性甲状腺发育异常埋下隐患，甲状腺炎致组织损伤修复异常形成囊肿，特殊生理时期及不良生活方式等致内分泌紊乱增发病几率，部分与遗传因素有关。
一、碘代谢异常
1.碘摄入不足：当人体长期处于碘摄入不足的状态时，会影响甲状腺激素的合成。甲状腺为了维持正常的生理功能，会出现代偿性增生，在此过程中可能引发甲状腺囊肿。例如，在一些碘缺乏地区，居民患甲状腺囊肿的概率相对较高。研究表明，碘是甲状腺合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入不足会使甲状腺激素合成减少，通过下丘脑-垂体-甲状腺轴的反馈调节，促使垂体分泌促甲状腺激素（TSH）增多，长期TSH刺激会导致甲状腺滤泡上皮细胞增生、肥大，进而形成囊肿。
2.碘摄入过量：虽然碘缺乏会引发问题，但碘摄入过量也可能导致甲状腺囊肿。过量的碘会干扰甲状腺激素的正常合成与释放，影响甲状腺的正常生理功能，导致甲状腺组织异常增生，增加甲状腺囊肿的发生风险。
二、先天性因素
1.甲状腺发育异常：在胚胎发育时期，如果甲状腺组织发育出现异常，比如甲状腺始基融合不全等情况，可能会导致甲状腺局部组织结构异常，为甲状腺囊肿的形成埋下隐患。这种先天性的甲状腺发育异常往往在出生后就存在潜在的发病基础，随着身体的生长发育，可能逐渐表现出甲状腺囊肿的相关症状。
三、炎症因素
1.甲状腺炎：各种类型的甲状腺炎，如慢性淋巴细胞性甲状腺炎（自身免疫性甲状腺炎）、亚急性甲状腺炎等，在炎症的长期刺激下，甲状腺组织会发生炎性反应，导致甲状腺滤泡结构破坏、修复异常，进而可能形成囊肿。以亚急性甲状腺炎为例，患者通常有上呼吸道感染病史，炎症累及甲状腺时，会引起甲状腺滤泡的损伤和炎症细胞浸润，之后滤泡内液体潴留可能形成囊肿。
四、其他因素
1.内分泌紊乱：女性在青春期、妊娠期、哺乳期等特殊生理时期，体内内分泌环境会发生较大变化。例如妊娠期，女性体内的激素水平波动较大，甲状腺的生理功能也会受到一定影响，容易出现甲状腺组织的适应性改变，增加甲状腺囊肿的发生几率。另外，长期的精神压力过大、熬夜等不良生活方式也可能通过影响内分泌系统，间接影响甲状腺的正常功能，增加甲状腺囊肿的发病风险。
2.遗传因素：部分甲状腺囊肿的发生与遗传因素有关。如果家族中有甲状腺疾病的遗传倾向，那么个体患甲状腺囊肿的可能性相对较高。研究发现，某些特定的基因变异可能与甲状腺囊肿的易感性相关，携带这些易感基因的人群在相同的环境因素刺激下，更容易发生甲状腺囊肿。
