牙齿不整齐受多种因素影响，遗传因素使父母牙齿特征可能遗传给子女；乳牙期或替牙期局部障碍包括乳牙过早缺失、滞留、恒牙萌出顺序异常；口腔不良习惯如吮指、口呼吸、偏侧咀嚼会导致牙齿不整齐；疾病因素中内分泌疾病及全身性综合征会影响牙齿发育；恒牙萌出空间不足因颌骨发育跟不上牙齿萌出空间且现代饮食致颌骨发育不足，常致牙齿拥挤等不整齐。
乳牙期或替牙期的局部障碍
乳牙过早缺失：乳牙如果因为龋齿等原因过早缺失，会导致相邻牙齿向缺牙间隙倾斜移位，占据了恒牙萌出的正常空间，使得恒牙萌出时位置不足，从而引起牙齿不整齐。比如儿童乳牙因严重龋坏过早脱落，后续恒牙萌出时没有足够空间，就可能出现排列紊乱。
乳牙滞留：乳牙到了替换时间却不脱落，会占据恒牙的位置，致使恒牙异位萌出，造成牙齿排列不齐。常见于上颌乳切牙滞留，导致恒切牙从舌侧或唇侧萌出，出现牙列拥挤或错位等情况。
恒牙萌出顺序异常：恒牙萌出顺序不符合正常的生理顺序，也会引发牙齿不整齐。正常情况下恒牙有相对固定的萌出顺序，若某颗恒牙萌出过早或过晚，都会打破牙列的正常发育秩序，导致邻牙位置发生改变，进而出现牙齿排列不整齐的现象。
口腔不良习惯
吮指习惯：儿童长期吮指，尤其是拇指吮指，会导致前牙呈开颌状态（上下牙齿在咬合时不能正常接触），同时影响上颌骨的发育和下颌骨的位置，造成牙齿排列不齐。一般3岁以前的吮指习惯可能会随着生长发育自行纠正，但如果超过5岁仍有吮指习惯，就容易引起较为明显的牙齿不整齐问题。
口呼吸习惯：长期用口呼吸，空气不能经过鼻腔的正常调节进入口腔，会影响颌面的正常发育。鼻腔通气受阻，为了保持呼吸通畅，儿童会不自觉地张口呼吸，这会使上颌骨腭盖高拱、牙弓狭窄，进而导致牙齿拥挤、前牙突出等不整齐状况。常见于患有腺样体肥大、鼻炎等疾病的儿童，长期口呼吸会影响面部和牙齿的正常发育。
偏侧咀嚼习惯：长期只用一侧牙齿咀嚼食物，会造成两侧面部发育不对称，同时该侧牙齿缺乏正常的咀嚼刺激，导致咀嚼侧牙齿排列拥挤，而另一侧牙齿可能因使用较少出现牙齿稀疏等不整齐情况。例如有的儿童因一侧牙齿疼痛等原因长期用另一侧咀嚼，就可能引发这种牙齿排列问题。
疾病因素
内分泌疾病：某些内分泌疾病可能影响牙齿的发育。例如，垂体功能亢进会导致身体过度生长，包括颌骨的过度生长，可能引起牙齿排列拥挤等不整齐表现；而甲状腺功能减退可能会影响骨骼和牙齿的正常发育，导致牙齿萌出迟缓、牙列稀疏等问题。
全身性综合征：一些遗传性或先天性的全身性综合征也会伴发牙齿不整齐。比如唐氏综合征患儿，除了有特殊的面容外，牙齿往往也存在排列不整齐等问题，这与患儿的染色体异常导致的全身发育异常有关，牙齿的发育也受到了影响。
恒牙萌出空间不足
随着人类进化，颌骨的发育往往跟不上牙齿萌出所需的空间，导致恒牙没有足够的位置萌出，从而出现牙齿拥挤、排列不齐等情况。现代人的饮食相对精细，颌骨受到的咀嚼刺激较少，进一步导致颌骨发育不足，这也是牙齿不整齐较为常见的原因之一。例如，第三磨牙（智齿）常常因为颌骨空间不足而出现阻生、错位等情况，影响整个牙列的整齐度。
