胃食管反流的发生与下食管括约肌结构或功能异常、食管清除作用降低、胃排空延迟、食管黏膜屏障功能降低有关，下食管括约肌可因解剖结构发育异常或受肥胖、妊娠等因素影响功能异常；食管蠕动障碍或唾液分泌减少会致食管清除作用降低；胃动力不足或不良饮食习惯会引起胃排空延迟；长期吸烟饮酒等或疾病、年龄因素会使食管黏膜屏障功能降低
一、下食管括约肌结构或功能异常
1.解剖结构因素：下食管括约肌是食管末端环行肌束，正常情况下可防止胃内容物反流至食管。若其解剖结构发育异常，比如长度缩短等情况，就可能导致下食管括约肌压力降低，使得食管抵御胃内容物反流的能力减弱。从年龄因素来看，婴幼儿的下食管括约肌发育尚不完善，相对更容易出现下食管括约肌结构异常相关的胃食管反流情况；而成年人若有先天性食管发育畸形等问题，也可能存在下食管括约肌结构异常。
2.功能因素：一些生理状态或疾病等因素可影响下食管括约肌功能。例如，肥胖人群腹部脂肪堆积较多，会增加腹内压，从而容易引起下食管括约肌受压，导致其功能异常；妊娠期间，女性体内激素水平变化以及子宫增大等因素，也可能影响下食管括约肌功能，使得胃内容物更容易反流至食管。
二、食管清除作用降低
1.正常食管清除机制：食管的清除作用包括食管蠕动、唾液的中和作用等，可将反流至食管的胃内容物及时清除。当食管蠕动功能出现障碍时，比如患有某些神经系统疾病影响食管蠕动神经传导，或者老年人食管蠕动功能生理性减退等情况，都会导致食管蠕动清除胃内容物的能力下降。
2.唾液因素影响：唾液具有中和胃酸、缓冲化学刺激以及促进食管黏膜修复等作用。如果唾液分泌减少，比如一些药物副作用导致唾液分泌受影响，或者老年人唾液分泌功能本身减退等，就会使得食管清除反流物的能力降低，增加胃食管反流的发生风险。
三、胃排空延迟
1.胃动力相关因素：胃排空速度受多种因素影响，如胃窦部运动功能、幽门括约肌功能等。当胃动力不足时，比如患有糖尿病等疾病引起自主神经病变，影响胃的运动功能，或者老年人胃动力生理性下降等，都可能导致胃排空延迟。胃内食物排空缓慢，胃内压力升高，就容易使胃内容物反流至食管。
2.饮食因素影响：不良的饮食习惯也可能导致胃排空延迟从而引发胃食管反流。例如，进食过多、过快，或者食用过多高脂肪、巧克力、咖啡等食物，这些食物会延缓胃排空，增加胃内压力，进而容易引起胃内容物反流。对于不同年龄人群，儿童如果饮食不规律、暴饮暴食等也可能影响胃排空，增加胃食管反流风险；成年人长期不健康的饮食习惯同样会对胃排空产生不良影响。
四、食管黏膜屏障功能降低
1.黏膜自身防御因素：食管黏膜的鳞状上皮、黏液层、碳酸氢盐分泌等构成了食管黏膜屏障，可抵御胃酸、胃蛋白酶等的侵蚀。当食管黏膜屏障功能降低时，比如长期大量吸烟、饮酒，烟草中的尼古丁、酒精等物质会损伤食管黏膜，破坏黏膜屏障；一些疾病如胃食管反流病本身也可能导致食管黏膜屏障功能受损，使得食管更容易受到反流物的损伤，进而引发胃食管反流相关的不适症状。
2.年龄与黏膜屏障关系：老年人食管黏膜本身就存在一定程度的退行性变，黏膜屏障功能相对较弱，所以老年人胃食管反流的发生率相对较高；而儿童如果有先天性食管黏膜发育不良等情况，也可能存在食管黏膜屏障功能降低的问题，容易发生胃食管反流。
