肝内胆管结石形成与胆汁成分改变、胆道感染因素、胆道解剖结构异常相关，胆汁成分改变包括胆红素代谢异常和胆固醇代谢紊乱；胆道感染因素有细菌感染和寄生虫感染；胆道解剖结构异常包含胆管狭窄和胆道异物残留，这些因素分别通过不同机制促使结石形成。
胆红素代谢异常：正常胆汁中胆红素与葡萄糖醛酸结合形成可溶性的结合胆红素，当胆道感染时，大肠杆菌产生的β-葡萄糖醛酸酶活性增强，可将结合胆红素水解为非结合胆红素，非结合胆红素与钙结合形成胆红素钙，进而沉淀析出形成结石核心。例如相关研究发现，肝内胆管结石患者胆汁中β-葡萄糖醛酸酶活性明显高于无结石人群，提示其在胆红素结石形成中起重要作用。不同年龄人群中，儿童肝内胆管结石相对少见，但若存在胆道感染等情况，也可能因胆红素代谢异常引发；女性在激素水平变化等因素影响下，胆汁成分可能相对更易出现改变从而增加结石形成风险；长期高脂、高糖饮食等不良生活方式人群，胆汁中脂质等成分代谢紊乱，也可能干扰胆红素的正常代谢过程。
胆固醇代谢紊乱：正常胆汁中胆固醇、胆汁酸与卵磷脂保持一定比例呈溶解状态，当胆固醇分泌过多或胆汁酸、卵磷脂合成减少时，胆固醇可析出形成胆固醇结石。有研究表明，肥胖、高脂血症患者肝内胆管结石发生率相对较高，与这类人群体内胆固醇代谢易出现紊乱有关。不同年龄阶段，年轻人若长期高热量饮食等生活方式，可能影响胆固醇代谢；女性在围绝经期等激素变化时，胆固醇代谢也可能受到一定影响；有胆道疾病病史人群，其胆汁内环境已存在一定紊乱，更易出现胆固醇代谢失衡进而促进结石形成。
胆道感染因素
细菌感染：大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等细菌感染胆道时，细菌及其产生的毒素可损伤胆道上皮细胞，使上皮细胞脱落、变性，进而影响胆道的正常排泄功能。同时，细菌感染还可引起胆道炎症反应，导致胆汁淤积。例如，胆道感染时形成的炎性渗出物、坏死组织等可成为结石的核心物质，促进结石形成。不同年龄人群中，儿童胆道感染多与先天性胆道结构异常等因素相关，而成人胆道感染可能与胆囊结石、胆管狭窄等因素有关；女性在生理周期等情况下，机体免疫力相对变化，更易发生胆道感染；长期吸烟、饮酒等不良生活方式人群，机体抵抗力下降，也更容易遭受细菌感染引发胆道炎症，增加结石形成几率；有胆道手术史等病史人群，胆道局部防御机制受损，细菌感染风险进一步升高。
寄生虫感染：如华支睾吸虫感染，华支睾吸虫寄生于胆道系统，其虫卵、虫体及其代谢产物可作为核心，吸引胆汁中的成分沉积形成结石。华支睾吸虫感染在一些特定地区较为常见，该地区人群肝内胆管结石发生率相对较高。不同年龄人群中，儿童若有生食淡水鱼虾等习惯，可能感染华支睾吸虫；女性在该地区生活时，若有类似不良饮食行为，也易感染；长期居住在华支睾吸虫流行地区且有不良饮食生活方式人群，感染风险显著增加；有过华支睾吸虫感染病史人群，胆道内环境已被破坏，更易再次形成结石。
胆道解剖结构异常
胆管狭窄：先天性胆管狭窄或后天因胆道炎症、手术等导致胆管狭窄，可引起胆汁引流不畅，胆汁在狭窄部位上方淤积，胆汁中的成分逐渐沉淀形成结石。例如先天性胆总管囊肿患者常合并肝内胆管结石，就是因为胆管解剖结构异常导致胆汁引流受阻。不同年龄人群中，先天性胆管狭窄多在儿童期被发现，而后天性胆管狭窄可见于各年龄段，手术史人群更易出现；女性与男性在这方面无明显性别特异性差异，但有胆道手术史女性可能因手术创伤等因素更易发生胆管狭窄；长期反复胆道炎症人群，胆管壁纤维组织增生更易导致狭窄；有胆道先天性解剖异常病史人群，本身胆管结构已存在问题，更易因各种因素促进结石形成。
胆道异物残留：胆道手术中若有器械、缝线等异物残留，可成为结石形成的核心，刺激胆道上皮细胞，导致胆汁成分围绕异物沉积形成结石。不同年龄人群中，有胆道手术史人群可能存在这种情况，儿童胆道手术相对较少，但如有异物残留也会引发类似问题；女性在胆道手术中若出现异物残留，同样会面临结石形成风险；有胆道手术病史人群是主要关注对象，术后需密切关注胆道情况；手术操作不规范等因素可能增加异物残留几率，进而促进结石形成。
