小儿肠套叠引起原因较为复杂，主要与解剖因素（婴儿回盲部系膜未完全固定、活动度大）、饮食改变（添加辅食阶段饮食性质和规律突然改变致肠道蠕动紊乱）、病毒感染（部分病毒感染致肠道功能紊乱、淋巴结肿大压迫肠管）、遗传因素（家族有病史后代风险相对增加但遗传机制待明确）、自主神经失调（自主神经系统发育不完善致蠕动节律改变、肠管痉挛）相关。
解剖因素：婴儿时期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是导致肠套叠发生的一个重要解剖学基础。例如，婴儿在生长发育过程中，回盲部相对游离，当受到某些因素影响时，容易发生肠管套入邻近肠管的情况。
饮食改变：小儿在添加辅食的阶段，肠道对食物的适应能力较差，饮食性质和规律的突然改变可能诱发肠套叠。比如从单一的母乳喂养转为添加较多不易消化的辅食，肠道功能需要重新调整，此时肠道蠕动容易紊乱，进而增加肠套叠的发生风险。
病毒感染：部分病毒感染可引起肠道功能紊乱，从而诱发肠套叠。例如腺病毒、轮状病毒等感染，可能导致肠道淋巴结肿大，压迫肠管，影响肠管的正常蠕动，使得肠管发生套叠。有研究表明，肠道病毒感染后，肠道局部的病理改变会干扰肠管的正常运动节律，增加肠套叠的发病几率。
遗传因素：虽然遗传因素在小儿肠套叠发病中所占比例相对较小，但有一定的家族遗传易感性。如果家族中有过小儿肠套叠的病史，那么后代发生肠套叠的风险可能会相对增加。不过，具体的遗传机制尚需进一步深入研究来明确。
自主神经失调：小儿的自主神经系统发育尚不完善，容易出现失调情况。当自主神经失调时，肠道的蠕动节律会发生改变，可能导致肠管痉挛，进而引发肠套叠。比如在受到寒冷刺激等情况下，小儿自主神经功能更容易出现紊乱，增加肠套叠的发生可能。
