小孩肠套叠的引起原因较为复杂，主要包括解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定，活动度大易致肠套叠）、饮食改变（添加辅食阶段饮食结构突然改变易致肠道功能紊乱，增加风险）、病毒感染（肠道腺病毒或轮状病毒感染致回盲部集合淋巴结增生，引发肠套叠）、遗传因素（有家族遗传倾向，可能增加发病几率）、胃肠道功能紊乱（腹部着凉、长时间哭闹等致胃肠道功能紊乱，引发肠套叠）
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是导致肠套叠发生的一个重要解剖学基础。例如，婴儿的回盲部相对游离，当肠道蠕动异常时，就容易使回肠末端套入结肠内，引发肠套叠。
饮食改变：小孩在添加辅食阶段，肠道对食物的适应能力较差，饮食结构的突然改变可能会引起肠道功能紊乱。比如从单一的奶类饮食过渡到添加较多辅食时，肠道需要适应新的食物成分，此时肠道蠕动节律可能会发生紊乱，从而增加肠套叠的发生风险。
病毒感染：某些病毒感染可能会影响肠道的正常功能。研究表明，肠道腺病毒或轮状病毒感染可引起回盲部集合淋巴结增生，使肠壁增厚，局部肠管套入相邻肠管，进而引发肠套叠。例如，在病毒流行季节，小孩感染相关病毒后，更易出现肠套叠情况。
遗传因素：虽然遗传因素导致小孩肠套叠的具体机制尚不十分明确，但有一定的家族遗传倾向。如果家族中有过肠套叠患儿，那么其他小孩发生肠套叠的风险可能相对较高。不过，这种遗传因素并不是绝对的致病因素，而是在其他因素共同作用下可能增加发病几率。
胃肠道功能紊乱：小孩的胃肠道功能尚不完善，容易出现胃肠道功能紊乱情况。比如腹部着凉、长时间哭闹等都可能影响胃肠道的正常蠕动和协调，导致肠管蠕动节律发生紊乱，进而引发肠套叠。例如，小孩腹部保暖不当，受到寒冷刺激后，胃肠道蠕动可能出现异常，增加肠套叠发生的可能性。
