婴儿肠套叠发生原因较为复杂，与解剖因素（回盲部系膜未完全固定、活动度大）、饮食改变（添加辅食时肠道不能及时适应变化致功能紊乱）、病毒感染（病毒感染致肠道淋巴结肿大影响蠕动）、遗传因素（家族有病史后代风险增高但遗传机制待明确）、自主神经失调（自主神经发育不完善易失调致肠道蠕动节律紊乱）相关。
解剖因素：婴儿时期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是导致肠套叠发生的一个重要解剖学基础。例如，婴儿在生长发育过程中，回盲部的位置可能会有一定的变动，当肠道蠕动异常时，就容易引发肠套叠。
饮食改变：婴儿在添加辅食的阶段，肠道对食物的性质和成分变化需要适应过程。如果突然改变饮食，如从母乳或配方奶喂养过渡到添加新的辅食，肠道不能及时适应这种变化，可能会引起肠道功能紊乱，进而增加肠套叠的发生风险。比如，从单纯的奶类喂养转为添加较多淀粉类、纤维素类食物时，肠道蠕动节律可能被打乱。
病毒感染：某些病毒感染可能会影响肠道的正常功能。例如，腺病毒、轮状病毒等感染肠道后，可引起肠道淋巴结的肿大，而肿大的淋巴结可能会影响肠道的正常蠕动，导致肠套叠。研究表明，肠道病毒感染与婴儿肠套叠的发生存在一定关联，病毒感染引起的肠道炎症反应可能破坏了肠道的正常生理状态。
遗传因素：虽然遗传因素在婴儿肠套叠发病中所占比例相对较小，但有一定的家族遗传倾向。如果家族中有过婴儿肠套叠的病史，那么后代发生肠套叠的风险可能会相对增高。不过，具体的遗传机制还需要进一步深入研究来明确。
自主神经失调：婴儿的自主神经系统发育尚不完善，容易出现失调情况。当自主神经失调时，肠道的蠕动节律可能会发生紊乱，从而增加肠套叠的发生几率。比如，婴儿在受到惊吓、环境温度变化等因素影响时，可能会导致自主神经功能紊乱，进而影响肠道蠕动。
