小儿肠套叠原因复杂，与解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定致4-10个月内发生率高）、饮食改变（添加辅食时结构变化易致肠道功能紊乱）、病毒感染（某些病毒感染致肠道炎症蠕动紊乱）、肠道寄生虫（蛔虫等刺激致肠功能紊乱）、遗传因素（家族有病史后代风险相对增加）相关
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，这是导致肠套叠发生的一个重要解剖学基础。例如，当婴儿肠道受到某些因素影响时，较易引起肠管套叠。一般在婴儿出生后的4-10个月内，回盲部的这种解剖特点使得该阶段小儿肠套叠的发生率相对较高。
饮食改变：小儿在添加辅食的阶段，肠道对食物的性质和成分变化较敏感。如从母乳喂养转为人工喂养，或辅食的种类、性状突然改变等，都可能引起肠道功能紊乱，导致肠套叠。研究表明，约有部分小儿肠套叠患儿存在近期饮食结构改变的情况，当肠道对新的食物适应不良时，容易引发肠套叠。
病毒感染：某些病毒感染可引起肠道局部的炎症反应，影响肠道的正常蠕动功能。例如，腺病毒、轮状病毒等感染后，可能导致肠壁淋巴组织增生，肠管蠕动节律发生紊乱，从而增加肠套叠的发生风险。有临床研究发现，在肠套叠患儿的粪便中检测到病毒的比例相对较高，提示病毒感染与小儿肠套叠的发生存在一定关联。
肠道寄生虫：肠道内的寄生虫，如蛔虫等，可作为异物刺激肠黏膜，引起肠功能紊乱。蛔虫的活动可能导致肠管蠕动不协调，进而引发肠套叠。在卫生条件较差、小儿卫生习惯不良的情况下，肠道寄生虫感染的发生率相对较高，也就增加了肠套叠的发病几率。
遗传因素：虽然遗传因素在小儿肠套叠发病中所占比例相对较小，但有一定的家族遗传倾向。如果家族中有过小儿肠套叠的病史，那么后代发生肠套叠的风险可能会相对增加。不过，具体的遗传机制还需要进一步深入研究来明确。
