尿道下裂的发生与遗传、内分泌、环境及其他因素相关，遗传因素可致子代发病风险高，内分泌因素中雄激素异常影响外生殖器发育，环境因素包括孕期接触有害物质和用药不当，其他因素有胎儿发育早期异常及子宫内生长环境等影响尿道正常发育。
内分泌因素
胎儿在发育过程中，雄激素的合成、分泌及作用异常与尿道下裂的发生密切相关。雄激素对于男性外生殖器的正常发育至关重要，若胎儿体内雄激素不足或其受体功能异常，会影响尿道沟的融合等正常发育过程，从而导致尿道下裂。比如，在胚胎发育的关键时期，母体内分泌环境的改变或者胎儿自身内分泌调节出现紊乱，都可能干扰雄激素的正常作用，进而引发尿道下裂。不同性别在这方面虽主要与男性胎儿相关，但孕妇的内分泌状态也间接影响胎儿，所以孕期孕妇的内分泌稳定很重要，若有内分泌相关疾病应积极治疗控制。
环境因素
孕期母亲接触有害物质：孕妇在孕期接触某些有害物质，如某些化学毒物、放射性物质等，可能会增加胎儿患尿道下裂的风险。例如，长期接触工业污染中的某些化学制剂，会对胎儿的发育产生不良影响，干扰生殖系统的正常分化。孕妇应尽量避免接触这类有害物质，在工作和生活环境中要注意防护，减少接触风险。
孕期用药不当：孕期不合理使用某些药物也可能与尿道下裂的发生有关。一些药物可能会影响胎儿的内分泌平衡或干扰生殖系统发育过程。所以孕妇用药必须在医生的严格指导下进行，不能自行随意用药，即使是一些非处方药也可能存在潜在风险。
其他因素
胎儿发育过程中的异常：在胚胎发育的早期阶段，如神经管形成等相关过程中出现异常，也可能与尿道下裂的发生存在一定关联。此外，胎儿在子宫内的生长环境、胎盘功能等因素也可能间接影响尿道的正常发育，从而导致尿道下裂。对于有过不良孕产史、胎儿发育曾出现过异常情况的孕妇，需要更加细致地进行孕期管理和监测，及时发现并处理可能出现的问题。
