小儿尿道下裂确切病因未完全明确，主要与遗传因素、激素水平异常、环境因素、胚胎发育异常相关，遗传因素可致后代发病风险增加，胎儿发育早期雄激素水平及作用异常、母体孕期环境暴露、生活方式及胚胎发育早期环节异常等均可能引发尿道下裂
遗传因素
有研究表明，遗传因素在小儿尿道下裂的发病中起到一定作用。如果家族中有尿道下裂患者，那么后代发生尿道下裂的风险可能会增加。例如，相关遗传学研究发现某些基因的突变或异常表达可能与尿道下裂的发生相关，这些基因参与了胚胎时期尿道发育的调控过程，当基因出现问题时，就可能干扰尿道正常的形成过程。
激素水平异常
胎儿在发育过程中，雄激素的水平和作用至关重要。雄激素对于男性尿道的正常发育起着关键作用。如果在胚胎发育早期，胎儿体内雄激素合成不足或者雄激素受体异常，就会影响尿道的正常分化和形成。例如，先天性肾上腺皮质增生症等疾病可能导致雄激素合成障碍，从而增加小儿尿道下裂的发生几率。在胎儿发育的关键时期，母体的激素水平也可能对胎儿产生影响，如果母体激素调节出现异常，也可能干扰胎儿尿道的发育。
环境因素
母亲在孕期的一些环境暴露可能与小儿尿道下裂有关。例如，孕期接触某些化学物质，如农药、工业污染物等，这些化学物质可能会干扰胎儿的正常发育过程，影响尿道的形成。另外，孕期母亲的感染情况也可能是一个因素，如孕期发生某些病毒感染等，可能通过影响胎儿的发育环境，增加尿道下裂的发生风险。还有孕期母亲的生活方式，如吸烟、饮酒等不良生活习惯，也可能对胎儿尿道发育产生不利影响，增加尿道下裂的发病可能性。
胚胎发育异常
在胚胎发育的早期阶段，尿道形成是一个复杂的过程，涉及多个环节的正常调控。如果在这个过程中出现任何环节的异常，都可能导致尿道下裂的发生。例如，尿道沟的融合障碍等胚胎发育过程中的异常情况，会使得尿道不能正常形成，从而出现尿道下裂的畸形表现。
