颅底骨折可能遗留多种后遗症，包括脑脊液漏相关可能长期不愈致颅内感染及不同人群受影响情况、脑神经损伤相关如嗅神经损伤致嗅觉减退等、颅底骨缺损相关可能出现头痛及不同人群受影响情况、少数患者后期可能发生癫痫及不同人群受影响情况。
脑脊液漏相关后遗症：若颅底骨折导致脑脊液漏，可能长期不愈，引发颅内感染等问题。例如，脑脊液持续外漏使得细菌容易侵入颅内，反复感染可能影响神经系统功能，出现记忆力减退、认知功能障碍等情况。儿童由于自身免疫力相对较低，发生颅内感染的风险更高，且感染后对神经系统发育可能产生更明显的不良影响；老年人则可能因基础疾病多，感染后恢复更困难，神经系统功能受损可能更严重。
脑神经损伤相关后遗症：颅底骨折常累及脑神经，如嗅神经、面神经、听神经等。若嗅神经损伤，可导致嗅觉减退或丧失，这会影响患者对气味的感知，进而可能影响饮食口味的判断等生活质量；面神经损伤可引起面瘫，出现患侧面部表情肌瘫痪，如闭眼困难、口角歪斜等，不仅影响外貌，还可能导致眼部感染等问题，儿童面瘫恢复相对较好，但可能影响面部肌肉发育对称性，老年人恢复则较慢，且面瘫可能导致社交障碍等心理问题；听神经损伤会造成听力下降甚至耳聋，影响患者的交流和生活沟通，儿童听力受损会影响语言发育，老年人则可能因听力障碍增加意外发生的风险。
颅底骨缺损相关后遗症：部分患者在颅底骨折修复后可能存在颅底骨缺损，可能出现头痛症状，尤其在活动、低头等情况下头痛加重。儿童颅骨仍处于发育阶段，颅底骨缺损可能影响颅骨正常发育，导致颅骨畸形等问题；老年人颅底骨缺损后颅骨稳定性下降，更容易出现头痛等不适，且可能影响颅内压力的调节。
癫痫：少数颅底骨折患者可能在后期发生癫痫。这是因为骨折造成的脑组织损伤等因素，使得大脑神经元异常放电。儿童发生癫痫后对神经系统发育影响更大，可能影响智力、运动等发育；老年人癫痫发作可能导致摔倒等意外损伤，且长期癫痫发作会影响生活质量和心理健康。
