衣原体尿路感染症状因性别等有差异，男性有尿道炎相关症状及可能并发附睾炎，女性有尿道症状及可能并发宫颈炎、盆腔炎等，不同人群症状有差异。
男性衣原体尿路感染症状
尿道炎相关症状：
起病相对较缓慢，初期可能出现尿道刺痒感，程度轻重不一，部分患者感觉较为明显，这与衣原体感染刺激尿道黏膜有关。
随后可出现尿道分泌物，多为稀薄的浆液性分泌物，量一般较少，与淋球菌感染导致的较多脓性分泌物有所不同。晨起时可能会发现尿道口有少量分泌物结成的痂膜封住尿道口，即“糊口”现象。
还可能出现尿频、尿急症状，这是因为炎症刺激膀胱颈部和尿道，导致膀胱频繁产生尿意，同时排尿时会有急迫感。
附睾炎等并发症表现：部分男性患者如果病情迁延不愈，可能会并发附睾炎，表现为附睾部位疼痛、肿胀，附睾体积增大，触之有压痛，严重时可影响生育功能，因为衣原体感染可能会破坏附睾的正常结构和功能，影响精子的储存、成熟等过程。
女性衣原体尿路感染症状
尿道症状：
尿道不适，如尿道灼热感、刺痛感等，相比男性可能症状相对较轻，但也会对生活产生一定影响。
尿道分泌物一般较少，有时可能仅有少量稀薄分泌物，容易被忽视。
也可出现尿频、尿急症状，原因同样是炎症刺激膀胱和尿道，导致膀胱功能紊乱。
宫颈炎等并发症表现：女性衣原体尿路感染常合并宫颈炎，表现为宫颈充血、水肿，有黏液性分泌物，患者可能出现阴道分泌物增多，颜色、性状异常等情况，部分患者还可能出现性交后出血等症状。如果炎症蔓延至盆腔，还可能引起盆腔炎等更严重的并发症，出现下腹部疼痛、坠胀，月经紊乱等表现，长期的盆腔炎可能会影响输卵管的通畅性，导致不孕不育等问题，因为衣原体感染可能会破坏输卵管的黏膜结构，引起输卵管粘连、阻塞等。
不同年龄、性别、生活方式及病史的人群感染衣原体尿路感染后症状可能会有一定差异。例如，青少年可能症状相对典型一些，而老年人由于机体抵抗力较弱，症状可能不太典型，容易被忽略；女性由于尿道短等生理特点，相对男性更容易发生衣原体尿路感染；有不洁性生活史等不良生活方式的人群感染风险更高，出现相关症状的可能性也更大；有既往泌尿系统感染病史或其他基础疾病（如糖尿病等）的人群，感染衣原体后症状可能更复杂，治疗也相对更困难。
