非特异性尿道炎病因复杂，包括病原体感染（如沙眼衣原体、解脲支原体等病原体及大肠埃希菌等细菌）、不良生活方式（不注意个人卫生、不洁性行为）、机体免疫力低下（患基础疾病、长期用免疫抑制剂等致抵抗力弱易受病原体侵袭）。
病原体感染：
衣原体：沙眼衣原体是引起非特异性尿道炎的常见病原体之一。衣原体感染主要通过性接触传播，在性活跃的人群中较为常见，尤其是年轻的性活跃个体，由于性接触频繁，感染风险相对较高。衣原体可侵犯尿道上皮细胞，引起炎症反应，导致非特异性尿道炎的发生。
支原体：解脲支原体等支原体也是非特异性尿道炎的重要病原体。支原体感染同样主要通过性传播途径，其感染机制是支原体黏附于尿道黏膜上皮细胞表面，引起细胞损伤和炎症反应。在有多个性伴侣、不注意安全性行为的人群中，支原体感染导致非特异性尿道炎的几率增加。
其他细菌：大肠埃希菌、葡萄球菌、链球菌等细菌也可引起非特异性尿道炎。这些细菌通常是通过尿道逆行感染，例如不注意尿道口的清洁卫生，细菌可沿尿道上行侵入尿道引发炎症。尤其是一些存在尿道局部因素的人群，如患有尿道结石、尿道狭窄等疾病的患者，由于尿道局部环境不利于清洁，更容易受到细菌感染而发生非特异性尿道炎。
不良生活方式：
不注意个人卫生：长期不清洗会阴部，尤其是男性包皮过长者，若不经常清洗包皮下的污垢，容易滋生细菌、衣原体、支原体等病原体，增加非特异性尿道炎的发病风险。对于不同年龄和性别的人群，都需要注重个人卫生，保持会阴部清洁干燥，尤其是女性，由于尿道较短且直，更应注意外阴的清洁，减少细菌感染的机会。
不洁性行为：频繁更换性伴侣、无保护措施的性行为等不洁性行为是导致非特异性尿道炎的重要危险因素。在性行为过程中，病原体容易在性伴侣之间传播，尤其是年轻且性活跃的人群，若不注意性行为的安全性，感染非特异性尿道炎的概率明显升高。
机体免疫力低下：
当人体免疫力下降时，如患有糖尿病、艾滋病等基础疾病，或长期使用免疫抑制剂、接受放疗化疗等，机体对病原体的抵抗力减弱，更容易受到衣原体、支原体、细菌等病原体的侵袭而引发非特异性尿道炎。例如，糖尿病患者由于血糖水平较高，有利于细菌等病原体的生长繁殖，同时其自身的免疫功能也受到一定影响，从而增加了非特异性尿道炎的发病可能。对于这类特殊人群，需要积极控制基础疾病，提高机体免疫力，以降低非特异性尿道炎的发病风险。
