小儿厌食症的原因多样，与口腔疾病、胃肠道疾病、肝胆疾病、营养缺乏性疾病等有关。
1.口腔疾病
龋齿会导致小儿在进食时牙齿疼痛，从而抗拒进食。口腔溃疡会使口腔黏膜破损，产生疼痛，影响小儿进食意愿。
2.胃肠道疾病
胃炎会造成胃黏膜损伤，引起胃痛、胃胀等不适，影响消化功能。幽门螺杆菌感染引发的胃炎，在小儿中较为常见，会使小儿食欲减退。消化性溃疡可导致腹部规律性疼痛，进食后疼痛可能加剧，导致小儿厌食。功能性消化不良则是胃肠动力障碍、内脏感觉过敏等原因引起，表现为餐后饱胀、早饱感等，影响小儿进食。
3.肝胆疾病
肝炎会影响肝脏的正常代谢和消化功能，胆汁分泌异常，导致脂肪消化受影响，小儿可出现厌油腻、食欲缺乏的症状。胆囊炎同样会影响胆汁的正常排泄和消化功能，引起右上腹疼痛，导致小儿厌食。
4.营养缺乏性疾病
锌缺乏会影响味蕾细胞的更新和味觉素的合成，使味觉敏感度下降，导致食欲减退。有研究表明，锌缺乏的小儿中，约70%会出现厌食症状。铁缺乏导致缺铁性贫血，可引起组织器官缺氧，影响消化功能，进而出现厌食。
