乙脑减毒活疫苗与灭活疫苗在制备原理上，减毒活疫苗毒性减弱保留免疫原性可繁殖，灭活疫苗病毒被杀失去感染复制力保留抗原；免疫效果上减毒活疫苗1-2剂免疫持久，灭活疫苗2-3剂免疫持久性稍弱，两者符合程序接种都能有效预防乙脑；安全性方面减毒活疫苗有极低毒力返强风险，灭活疫苗安全性更高，减毒活疫苗正常人群不良反应轻，灭活疫苗不良反应发生率稍低，特殊人群减毒活疫苗可能风险高，婴幼儿灭活疫苗更适合；接种程序上减毒活疫苗8月龄1剂、2岁1剂，灭活疫苗8月龄2剂间隔7-10天、2岁和6岁各加强1剂，依免疫原性和免疫应答特点设计达最佳保护效果。
免疫效果方面：乙脑减毒活疫苗一般只需接种1-2剂，免疫效果相对较持久，多数接种者可获得较牢固的免疫；乙脑灭活疫苗通常需要接种2-3剂，且免疫持久性相对减毒活疫苗稍弱，有时可能需要加强免疫。有研究表明，减毒活疫苗在诱导机体产生长期免疫记忆方面有一定优势，灭活疫苗则在初次免疫应答的快速启动上有一定特点。从免疫保护率来看，两者在符合免疫程序接种的情况下，都能有效预防乙脑，但具体数据因不同研究和接种人群有所差异。
安全性方面：乙脑减毒活疫苗可能存在极低概率的毒力返强风险，但发生概率非常低；灭活疫苗相对来说安全性更高，因为病毒已被完全杀死，不存在病毒繁殖和返强的问题。不过，减毒活疫苗在正常免疫功能人群中不良反应相对较轻，主要为局部红肿、疼痛等轻微反应；灭活疫苗的局部和全身不良反应发生率可能稍低，但也可能出现注射部位疼痛、低热等情况。对于特殊人群，如免疫功能低下者，减毒活疫苗可能带来更高的潜在风险，而灭活疫苗相对更安全；对于婴幼儿等，灭活疫苗由于其安全性相对更有保障，可能更适合作为首选，当然这也需要根据具体情况由医生评估后决定。
接种程序方面：乙脑减毒活疫苗一般儿童8月龄接种第1剂，2岁接种第2剂；乙脑灭活疫苗基础免疫通常是8月龄接种2剂，间隔7-10天，2岁和6岁各加强1剂。不同的接种程序是根据疫苗的免疫原性和人体免疫应答特点来设计的，以达到最佳的免疫保护效果。
