自身免疫性脑炎后遗症包括认知功能障碍、精神行为异常、运动功能障碍、癫痫发作和语言功能障碍。认知功能障碍表现为记忆力减退等，不同年龄影响不同；精神行为异常有情绪不稳定、幻觉妄想等；运动功能障碍有肌张力异常、不自主运动等，不同年龄影响不同；癫痫发作形式多样，影响生活质量；语言功能障碍有表达或理解困难，不同年龄影响不同。
精神行为异常
部分自身免疫性脑炎患者会遗留精神行为异常表现。如出现情绪不稳定，可能表现为无故的焦虑、抑郁或者情绪波动较大，这与自身免疫反应对脑内调节情绪的神经递质系统等产生影响有关。有的患者会出现幻觉、妄想等精神症状，这是因为脑部相关神经环路被自身免疫损伤后，导致感知和思维等精神活动出现异常。不同性别的患者在精神行为异常的具体表现上可能有一定差异，女性患者可能在某些情绪相关症状上相对更敏感，但具体机制还需进一步研究明确。
运动功能障碍
运动功能方面的后遗症也较为常见。可出现肌张力异常，如肌张力增高表现为肢体僵硬，活动不灵活；或者肌张力减低，表现为肢体松软无力。还可能出现不自主运动，如震颤、舞蹈样动作等。运动功能障碍的发生与自身免疫性脑炎对锥体系、锥体外系等运动相关脑区及神经传导通路的损伤有关。对于儿童患者，运动功能障碍可能会影响其正常的生长发育过程中的大运动和精细运动发展，如坐、站、走等大运动发育延迟，以及抓握物品等精细运动能力受限；成年患者则可能影响其日常生活活动能力，如穿衣、洗漱等。
癫痫发作
自身免疫性脑炎患者在后遗症期可能出现癫痫发作。这是由于脑内神经元受到自身免疫损伤后，出现异常放电所致。癫痫发作的形式多样，包括部分性发作、全面性发作等。不同年龄的患者癫痫发作的特点可能有所不同，儿童癫痫发作可能更易出现全面性发作的表现，而成年患者部分性发作相对常见。癫痫发作会对患者的生活质量产生严重影响，如可能导致意外伤害等情况，需要长期关注和进行相应的监测与管理。
语言功能障碍
部分患者会遗留语言功能障碍。表现为言语表达困难，如找词困难、说话费力等；或者语言理解障碍，难以理解他人话语的含义。语言功能障碍与大脑中语言中枢及其相关神经通路受损有关，不同年龄的患者语言功能障碍对其交流、学习等方面的影响程度不同，儿童患者可能影响其语言学习和社交沟通，成年患者则可能影响其职业发展和日常生活中的人际交往。
