肺孢子菌肺炎CT表现多样，常见磨玻璃影（免疫抑制患者早期多双肺弥漫性出现）、实变影（部分患者有，儿童和免疫正常者比例不同）、网格影（后期或病程长、治疗不及时者出现，与慢性炎症或间质改变有关）、空气支气管征（实变影内充气支气管影，实变明显时可见）、小叶间隔增厚（与肺泡间隔水肿、炎性细胞浸润有关），不同人群表现有差异，如儿童与成人不同，有基础病或长期用免疫抑制剂者病情判断复杂，艾滋病患者表现更典型广泛，免疫正常者少见且需与其他感染性疾病鉴别。
磨玻璃影：较为常见，表现为肺内弥漫性的密度增高影，但仍可见血管纹理，这是因为肺泡间隔水肿、炎性细胞浸润等导致肺泡内气体含量减少，而肺泡结构未完全破坏。在免疫抑制患者中，如艾滋病患者合并肺孢子菌肺炎时，早期常可出现双肺弥漫性磨玻璃影，与肺泡内的渗出液等因素有关。
实变影：部分患者可出现肺实变影，表现为肺组织密度均匀增高，可能是由于肺泡内充满了大量的病原体及炎性渗出物，使得肺实质发生了实变。实变影可以是局部的，也可以是广泛的，在儿童和免疫功能正常的患者中，有时也可能出现实变表现，但相对免疫抑制患者来说比例可能有所不同。
网格影：可见肺内出现网格状的影像，这与肺泡间隔的增厚、纤维化等有关。网格影往往提示有慢性的炎症过程或者间质的改变，在肺孢子菌肺炎的后期，可能会出现网格影，尤其是在一些病程较长或者治疗不及时的患者中。
空气支气管征：在实变影内可见充气的支气管影，这是因为实变的肺组织与充气的支气管形成对比，常见于肺实变较为明显的情况。其形成机制是实变的肺组织环绕支气管，使得支气管显影。
小叶间隔增厚：表现为肺内小叶间隔呈增厚的改变，这与肺泡间隔的水肿、炎性细胞浸润有关，使得小叶间隔在CT上显示为增厚的线条影。不同年龄、性别、生活方式及病史的人群，肺孢子菌肺炎的CT表现可能有一定差异。例如，儿童患者由于其自身的生理特点，免疫功能相对较弱，肺孢子菌肺炎的CT表现可能在磨玻璃影、实变影等方面的分布和程度可能与成人有所不同；有基础肺部疾病或长期使用免疫抑制剂的患者，其原有的肺部基础病变可能会影响肺孢子菌肺炎的CT表现，使得病情的判断更加复杂。对于特殊人群，如艾滋病患者合并肺孢子菌肺炎时，CT表现往往更为典型和广泛，需要及时进行诊断和治疗；而对于免疫功能正常的人群，肺孢子菌肺炎相对较少见，其CT表现可能相对较轻，但也需要与其他肺部感染性疾病进行鉴别诊断。
