乙脑疫苗有一般不良反应和罕见不良反应，一般不良反应包括局部反应（接种部位红肿、疼痛等，多24小时内出现，1-2天可自行缓解）和全身反应（发热、头痛等，1-2天内出现，持续1-2天可消退）；罕见不良反应有过敏反应（皮疹、呼吸困难等，严重可致过敏性休克）和神经系统反应（极罕见惊厥等）。特殊人群接种需注意，过敏体质者要告知医生，患病发热儿童暂缓接种，接种后要注意休息、观察自身反应。
局部反应：接种乙脑疫苗后，部分受种者可能出现局部反应，常见的有接种部位红肿、疼痛等。一般来说，这种局部反应多在接种后24小时内出现，红肿范围通常较小，直径多在2-5厘米左右，疼痛程度一般较轻，多数受种者可在1-2天内自行缓解，这是因为疫苗作为一种外来物质刺激局部组织引起的炎症反应。在年龄较小的儿童中，由于皮肤较为娇嫩，局部反应可能相对更为明显一些，但通常也多能自行恢复。对于年龄稍大一些能配合的儿童，可通过保持局部清洁、避免搔抓等方式促进恢复。
全身反应：部分受种者可能出现全身反应，如发热，一般为低热，体温多在37.5-38.5℃之间，少数可能出现中度发热，体温在38.5-39℃左右。还可能伴有头痛、乏力、头晕、食欲减退等症状。全身反应一般在接种后1-2天内出现，持续1-2天可自行消退。发热等全身反应是机体对疫苗产生免疫应答的一种表现，儿童由于免疫系统尚不完善，相对成人可能更容易出现全身反应，但多数为自限性。对于儿童出现的低热等全身反应，可通过适当休息、多饮温水等非药物干预措施来缓解不适。
罕见不良反应
过敏反应：虽然较为罕见，但也有可能发生。过敏反应可表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难、面色苍白、心跳加快等。严重的过敏反应如过敏性休克，是非常危急的情况，需立即进行抢救。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，如果受种者既往有明确的疫苗过敏史，在接种乙脑疫苗前需告知医生，以便医生评估接种风险。对于儿童来说，由于其免疫系统和身体机能的特殊性，过敏反应一旦发生可能进展较快，所以在接种后需要在接种点观察一段时间，以便及时发现并处理可能出现的过敏反应。
神经系统反应：极罕见情况下可能出现神经系统反应，如惊厥等。惊厥多发生在发热的过程中，儿童由于神经系统发育尚未成熟，在发热等刺激下相对更容易出现惊厥。如果儿童既往有惊厥史或有神经系统疾病史，接种乙脑疫苗后需要密切观察神经系统症状，一旦出现异常需及时就医。
对于特殊人群，如过敏体质者，在接种乙脑疫苗前一定要详细告知医生自己的过敏情况，包括食物过敏、药物过敏等，以便医生判断是否可以接种以及采取相应的预防措施。对于患有急性疾病、严重慢性疾病、慢性疾病急性发作期和发热的儿童，应暂缓接种乙脑疫苗，待康复后再考虑接种。在接种乙脑疫苗后，无论是儿童还是成人，都要注意休息，保持良好的生活方式，密切观察自身反应，如有异常及时向医生反馈。
