孕酮低可由多种因素引起，内分泌系统相关因素有黄体功能不全使孕酮分泌能力下降、垂体病变影响促性腺激素分泌间接致孕酮减少；卵巢本身问题包括先天性卵巢发育不良及卵巢炎等疾病破坏卵巢组织影响孕酮分泌；其他因素有全身性疾病如甲状腺功能减退症、糖尿病等干扰内分泌影响孕酮，长期熬夜、过度节食、精神压力大等不良生活方式打乱内分泌节律致孕酮低，孕期胚胎发育异常等也会使孕期女性孕酮低。
一、内分泌系统相关因素
1.黄体功能不全：卵巢的黄体主要功能是分泌孕酮，当黄体功能不全时，其分泌孕酮的能力下降，就会导致孕酮水平降低。正常女性的黄体期，黄体分泌孕酮会使体内孕酮水平升高以支持子宫内膜为受精卵着床做准备等生理过程，若黄体功能异常则无法维持正常的孕酮分泌水平。在育龄期女性中较为常见，尤其是有过多次流产史等情况的女性，发生黄体功能不全导致孕酮低的风险相对更高。
2.垂体功能异常：垂体分泌的促性腺激素等会影响卵巢的功能进而影响孕酮的分泌。如果垂体出现病变，比如垂体肿瘤等，可能会影响促性腺激素的分泌，从而间接导致卵巢分泌孕酮减少。垂体功能异常在不同年龄段都可能发生，但相对来说在一些有垂体相关基础疾病的人群中更易出现。
二、卵巢本身问题
1.卵巢发育不良：先天性的卵巢发育不良会影响卵巢正常的内分泌功能，导致孕酮分泌不足。这种情况在一些先天遗传因素导致卵巢结构或功能异常的女性中存在，从出生时就可能存在卵巢功能的潜在问题，影响整个生育相关的激素分泌包括孕酮。
2.卵巢疾病影响：如卵巢炎等疾病，炎症会破坏卵巢的正常组织，影响卵巢分泌孕酮的能力。各种原因引起的卵巢局部炎症，会干扰卵巢细胞的正常代谢和激素分泌功能，进而导致孕酮水平降低。不同年龄的女性都可能因为感染等因素引发卵巢炎，从而影响孕酮水平。
三、其他因素
1.全身性疾病影响：一些全身性疾病，例如甲状腺功能减退症，甲状腺功能异常会通过内分泌系统的复杂调节影响到孕酮的分泌。甲状腺激素水平异常会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能，进而影响孕酮的产生。在患有甲状腺功能减退症的人群中，出现孕酮低的概率相对增加。还有像严重的糖尿病等全身性疾病，也可能通过影响身体的代谢和内分泌环境，间接导致孕酮水平降低。
2.生活方式因素：长期的不良生活方式也可能对孕酮产生影响。例如长期熬夜，会打乱人体正常的生物钟，影响内分泌系统的正常节律，进而影响激素的分泌，包括孕酮。过度节食导致营养不良，身体缺乏必要的营养物质来维持正常的内分泌功能，也可能引起孕酮低。另外，长期精神压力过大，会通过神经内分泌调节影响下丘脑-垂体-卵巢轴，使得孕酮分泌受到影响。年轻女性如果长期存在这些不良生活方式，更容易出现孕酮低的情况；而中老年女性如果生活方式不健康，也可能因内分泌调节紊乱等出现孕酮低。
3.妊娠相关因素（针对孕期女性）：在孕期，如果出现胚胎发育异常等情况，也可能导致孕酮低。因为正常妊娠时胚胎会分泌一些物质来维持孕酮的水平，如果胚胎发育不好，就无法正常刺激孕酮的分泌。而且在孕期，不同阶段孕酮的正常范围不同，若偏离正常范围较多也提示可能存在问题。比如孕早期孕酮低，可能增加流产等风险，这与胚胎自身发育情况以及母体对胚胎的支持情况等多种因素相关。
